会社設立の基礎知識

合同会社にかかる税金一覧|株式会社や個人事業主との違いも解説

監修 北田 悠策 公認会計士・税理士

合同会社にかかる税金一覧|株式会社や個人事業主との違いも解説

合同会社を設立する際は、どのような税金が課税されるのか、株式会社や個人事業主と税負担の仕組みがどう異なるのかを把握しておくことが重要です。

合同会社には、法人税・法人住民税・法人事業税(および特別法人事業税)・消費税などが課税されます。合同会社と株式会社はいずれも税法上の普通法人に該当するため、設立時にかかる登録免許税を除き、両者で課税される税金の種類や税率に違いはありません。

一方、合同会社と個人事業主では課税される税金の種類や計算の仕組みが異なります。

本記事では、合同会社にかかる税金の種類・税率に加え、株式会社や個人事業主との違い、税金シミュレーションを解説します。

目次

合同会社にかかる主な税金一覧

合同会社にかかる税金には以下のようなものがあります。

税金の種類国税/地方税
法人税国税
地方法人税国税
法人住民税地方税
法人事業税地方税
特別法人事業税国税
消費税(および地方消費税)国税・地方税

法人税・地方法人税

法人税とは、法人が事業活動で得た所得に対して課税される国税です。税率は原則として23.2%ですが、資本金1億円以下の中小法人は、所得金額のうち年800万円以下の部分に対して15%の軽減税率が適用されます。

法人税額は、所得金額(益金 - 損金)に税率をかけ、税額控除額を差し引くことで算出する仕組みです。

法人税・地方法人税

税法上、損金に算入できる費用を適切に処理することで、課税所得が小さくなり、法人税額の軽減につながります。

なお、益金は売上収入や不動産の売却収入、損金は売上原価や販売費および一般管理費などが該当します。

また、法人税の納税義務がある法人は、地方法人税の対象です。地方法人税は国税で、税額は法人税額に税率10.3%をかけて計算します。

出典:財務省「6.「法人税」を知ろう」

法人住民税

法人住民税とは、法人が事業所を置く都道府県および市町村に納める地方税です。「均等割」と「法人税割」の2つで構成されています。

法人住民税

均等割

法人住民税の均等割とは、資本金等の額や従業者数に応じて定額を負担するものです。定額課税のため、赤字であっても年7万円(標準税率)の均等割額を納める必要があります。

資本金等の額・従業者数ごとの均等割額は以下のとおりです。

資本金等の額都道府県民税市町村民税(従業者数50人超)市町村民税(従業者数50人以下)
1,000万円以下2万円12万円5万円
1,000万円超1億円以下5万円15万円13万円
1億円超10億円以下13万円40万円16万円
10億円超50億円以下54万円175万円41万円
50億円超80万円300万円41万円

法人税割

法人住民税の法人税割は、法人税額に応じて負担するものです。標準税率は都道府県民税が1.0%、市町村民税が6.0%です。

法人税割は法人税額をもとに計算するため、法人税額が発生しない場合は原則として課税されません。

法人事業税

法人事業税とは、法人が事業所を置く都道府県に納める地方税です。

事業活動に必要な行政サービスの費用を、法人も一部負担する趣旨で課税されます。また、所得金額や法人の種類などによって税率が異なり、事業所が所在する都道府県に申告・納付する必要があります。

法人事業税の主な課税方式は、所得金額に応じて課税される「所得割」と、収入金額に応じて課税される「収入割」です。一定規模以上の法人には、これらに加えて「付加価値割」と「資本割」が課されます。

また、法人区分・所得金額・資本金額などによっては、超過税率または軽減税率の対象となるケースもあります。

法人事業税

たとえば、東京都に所在する資本金1億円以下の普通法人の場合、税率は以下のとおりです。

所得金額税率
年400万円以下の金額3.5%
年400万円超800万円以下の金額5.3%
年800万円超の金額7.0%

特別法人事業税

特別法人事業税とは、2019年に創設された税金で、法人事業税の納付義務がある法人に課されるものです。そのため、法人事業税が課される合同会社も課税対象となります。

特別法人事業税は国税ですが、法人事業税(地方税)とあわせて納付し、都道府県が国に払い込む仕組みです。税額は法人事業税の所得割額(または収入割額)に税率をかけて算出されます。

特別法人事業税の税額

特別法人事業税の税額 = 法人事業税の所得割額(または収入割額)× 税率

税率は法人の種類などによって異なります。

課税標準法人の種類税率
基準法人所得割額外形標準課税法人・特別法人以外の法人(資本金1億円以下の普通法人等)37%
外形標準課税法人(原則として資本金1億円超の法人)260%
特別法人34.5%
基準法人収入割額小売電気事業等、発電事業等、特定卸供給事業または特定ガス供給業を行う法人以外の法人30%
小売電気事業等、発電事業等または特定卸供給事業を行う法人40%
特定ガス供給業を行う法人62.5%

消費税

消費税(および地方消費税)とは、商品・サービスの消費に対して広く公平に課税される税金です。原則として、前々事業年度の課税売上高が1,000万円を超えると納税義務が生じます。

新設法人は基準期間(前々事業年度)が存在しないため、1期目は原則として納税義務が免除されます。2期目は、特定期間の課税売上高が1,000万円を超える場合、原則として納税義務は免除されません。なお、課税売上高に代えて、給与等支払額の合計額で判定することも可能です。

※資本金額または出資額が1,000万円以上の法人や適格請求書発行事業者などは免税対象外です。

消費税

消費税は、消費者が負担して事業者が納付する仕組みであり、標準税率は10%(消費税率7.8%、地方消費税率2.2%)です。

ただし、酒類・外食を除く食品などは軽減税率8%(消費税率6.24%、地方消費税率1.76%)が適用されます。

出典:国税庁「消費税のしくみ」 出典:国税庁「No.6503 基準期間がない法人の納税義務の免除の特例」

合同会社の税金シミュレーション

法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税・特別法人事業税を対象に、合同会社の税額を試算します。

前提条件は、以下のとおりです。

前提条件

  • 資本金:1,000万円以下(適用除外事業者に該当しない)
  • 従業員:50人以下
  • 所在地:東京都23区
  • 事業年度開始日:2026年4月1日
  • 所得金額:800万円(消費税は本シミュレーションの対象外)

上記の条件で試算した結果を、以下の表にまとめました。

税金の種類試算結果
法人税8,000,000円 × 15% = 1,200,000円
地方法人税1,200,000円 × 10.3% = 123,600円
法人住民税(均等割)20,000円 + 50,000円 = 70,000円
法人住民税(法人税割)1,200,000円 × 7% = 84,000円
法人事業税400万円以下の部分:4,000,000円 × 3.5% = 140,000円
400万円超800万円以下の部分:4,000,000円 × 5.3% = 212,000円
合計:140,000円 + 212,000円 = 352,000円
特別法人事業税352,000円 × 37% = 130,240円
合計1,200,000円 + 123,600円 + 154,000円 + 352,000円 + 130,240円 = 1,959,840円
出典:東京都主税局「均等割の税率表」

なお、上記はあくまで試算であり、実際の税額は所在地・事業年度・所得金額・資本金額・各種控除などによって変動します。

合同会社と株式会社の税金の違い

税法上、合同会社や株式会社はどちらも「普通法人」に該当し、課税される税金の種類や税率は同じです。税負担額は所得額や資本金額などによって異なり、法人形態だけで決まるものではありません。

一方、法人設立時にかかる「登録免許税」には違いがあります。

登録免許税とは、登記申請を行う際に法務局へ納める国税です。税率は株式会社も合同会社も「資本金額の0.7%」ですが、株式会社は最低金額が15万円であるのに対し、合同会社は6万円と定められています。

また、株式会社の設立では定款の認証手数料がかかる一方、合同会社では定款認証が不要です。そのため、一般的に合同会社は株式会社に比べて設立費用を抑えられる傾向があります。

設立費用の種類合同会社株式会社
登録免許税資本金額の0.7%
(6万円に満たないときは6万円)
資本金額の0.7%
(15万円に満たないときは15万円)
定款の認証手数料不要1.5万円~5万円
出典:e-Gov法令検索「法人税法(昭和四十年法律第三十四号)」 出典:国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」 出典:法務省「合同会社の設立手続について」

合同会社と個人事業主の税金の違い

合同会社をはじめとする法人と個人事業主では、課税される税金の種類や仕組みが異なります。

区分課税される税金の種類
合同会社法人税
地方法人税
法人住民税
法人事業税
特別法人事業税
消費税※
個人事業主所得税
個人住民税
個人事業税
消費税(基準期間の課税売上高が1,000万円以下の場合は、原則として免税)

※1期目は原則として免税され、2期目以降は基準期間・特定期間の課税売上高、給与等支払額などで納税義務の有無が判定されます。ただし、インボイス登録している場合は1期目からでも納税義務が生じます。

出典:国税庁「No.9000 国税と地方税の種類」

以下では、個人事業主が合同会社を設立した場合、税金にどのような影響があるかを解説します。

なお、実際の税負担額は所得や事業規模などによって異なるため、税理士などの専門家に相談しながら判断しましょう。

所得が増えると合同会社のほうが税負担を抑えられる場合がある

個人事業主に課税される所得税には累進税率が採用されており、所得金額に応じて5~45%の税率が適用されます。

所得税の税率

一方、合同会社をはじめとする法人に課される法人税の税率は、原則として23.2%です。資本金1億円以下の普通法人などは、適用除外事業者などを除き、所得金額のうち年800万円以下の部分に15%の軽減税率が適用されます。

そのため、個人事業主としての所得が増えると、合同会社を設立したほうが税負担額を抑えられるケースがあります。

個人事業主が合同会社を設立するタイミングや税金シミュレーションについて詳しくは、以下の記事をご覧ください。

出典:国税庁「No.2260 所得税の税率」 出典:J-Net21「個人事業と法人のどちらがよいか」

合同会社は赤字でも法人住民税の均等割がかかる

個人事業主の場合、事業が赤字でほかの所得もなければ、原則として所得税や住民税は課税されません。

一方で、合同会社をはじめとする法人は、赤字であっても法人住民税(均等割)を納める必要があります。資本金1,000万円以下で従業員が50人以下の会社の場合、均等割の税額(標準税率)は年額7万円です。

出典:東京都主税局「個人住民税」

給与所得控除で税負担額を軽減できる場合がある

合同会社を設立して役員報酬を受け取る場合、その報酬は社長個人の給与所得に該当するものです。給与所得を計算する際は給与所得控除を差し引けるため、所得税・住民税の負担軽減につながる場合があります。

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ただし、役員報酬の金額は法人税・所得税・住民税・社会保険料に影響します。税負担だけでなく、会社の利益や資金繰りも踏まえて、税理士などの専門家に相談しながら設定しましょう。

出典:国税庁「No.1410 給与所得控除」

まとめ

合同会社に課税される税金には、法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税(および特別法人事業税)・消費税などがあります。

税法上、株式会社と合同会社はどちらも普通法人であり、設立時にかかる登録免許税を除き、税金の種類や税率に違いはありません。一方、個人事業主と合同会社では課税される税金の種類や仕組みが異なります。

税金は最終的な利益や資金繰りに大きく影響するため、合同会社にどのような税金が課税されるか、また個人事業主との違いを理解しておくことが重要です。また、合同会社の設立は税理士などの専門家に相談しながら、事業の状況に応じて判断しましょう。

よくある質問

売上のない合同会社でも税金は発生する?

合同会社に課税される税金のうち、法人住民税(均等割)は資本金や従業員数などに応じた定額課税であり、赤字でも負担が発生します。

詳しくは記事内「合同会社は赤字でも法人住民税の均等割がかかる」をご覧ください。

個人事業主と合同会社ではどちらが節税になる?

個人事業主と合同会社は課税される税金の種類や仕組みが異なるため、どちらの税負担額が少なくなるかは一概にはいえません。一般的に、個人事業主の所得が大きくなると、合同会社を設立したほうが税率は低くなる傾向があります。

詳しくは記事内「合同会社と個人事業主の税金の違い」をご覧ください。

参考文献

監修 北田 悠策(きただ ゆうさく)

神戸大学経営学部卒業。2015年より有限責任監査法人トーマツ大阪事務所にて、製造業を中心に10数社の会社法監査及び金融商品取引法監査に従事する傍ら、スタートアップ向けの財務アドバイザリー業務に従事。その後、上場準備会社にて経理責任者として決算を推進。大企業からスタートアップまで様々なフェーズの企業に携わってきた経験を活かし、株式会社ARDOR/ARDOR税理士事務所を創業。

北田 悠策

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