2021年10月から、「マイナ保険証」（マイナンバーカードを利用した健康保険証）が医療機関の窓口や薬局などで使えるようになりました。そして2023年4月からは、マイナンバーカードを健康保険証として使えるシステムの導入を厚生労働省が原則義務化しています。

マイナンバーカードを健康保険証と紐づければ、通院だけでなく医療費控除の手続きも簡単になります。本記事では、マイナ保険証を使って医療費控除の申請をする手順やその際の注意点について解説します。

• 医療費控除の仕組みを解説
• 医療費控除とは
• 医療費控除の要件
• 医療費控除で控除される金額
• マイナンバーカードの保険証利用について
• マイナンバーカードで医療費控除を申告する手順
• STEP1：マイナンバーカードを取得する
• STEP2：マイナンバーカードを健康保険証として登録する
• STEP3：マイナポータル上で医療費通知情報を確認する
• STEP4：確定申告書等作成コーナー（オンライン）で申告書を作成する
• マイナンバーカードで医療費控除を申告する際の注意点
• 保険診療以外は反映されない
• 1年分のデータが反映されるのは2月9日
• 領収書の保存が必要なケースがある
• 家族分の申告には代理人設定が必要
• 2024年提出（令和5年分）の確定申告アップデート情報
• まとめ
• 確定申告を簡単に終わらせる方法
• よくある質問

はじめに、医療費控除の仕組みを解説します。

医療費控除がある場合は確定申告時に内容や金額を記載しなければなりません。そのため、仕組みや控除の条件などをあらかじめ理解しておくことが重要です。

医療費控除は所得控除のひとつで、1年間に一定額を超える医療費を支払った場合において最大200万円の控除が受けられる制度のことです。自分はもちろん、「自分と生計を一にする（日常生活において財産を共有している）配偶者や家族・親族」のために支払った医療費も対象になります。

医療費控除の対象期間は、その年の1月1日から12月31日までです。会社員は所得税の還付を受けることができ、個人事業主は所得税の節税につながります。控除を受けるには確定申告が必要なので、会社員も忘れずに確定申告を行いましょう。

控除の対象となる医療費は以下の通りです。

• 納税者が、自分または自分と生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費であること
• その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費であること（未払いの医療費は、実際に支払った年の医療費控除の対象になる）

医療費控除の上限金額は200万円です。実際に控除される金額は、以下の式を使って計算できます。

【関連記事】
医療費控除とは？対象となる費用や申請方法について解説

2023年4月より、医療機関におけるマイナンバーカードを健康保険証として使えるシステムの導入が原則義務化され、「マイナ保険証」が使いやすくなりました。同年6月には改正マイナンバー法が成立し、2024年の秋から現行の健康保険証は廃止される見込みです。

医療機関や薬局などではマイナンバーカードの利用が基本となるため、マイナンバーカードの取得やマイナンバーカードを健康保険証として登録する作業がまだの人は準備を検討しましょう。

マイナ保険証が使える医療機関や薬局には、マイナ受付のステッカーとポスターが目印に貼られています。対象の医療機関・薬局は「徐々に拡大していく予定」とのことですが、以下のページから確認することも可能です。

マイナンバーカードの健康保険証利用対応の医療機関・薬局についてのお知らせ

【関連記事】
マイナ保険証（マイナンバーカードの健康保険証利用）とは？制度の概要やメリット・デメリット、登録方法をわかりやすく解説

マイナ保険証を使えば、領収書の保管が不要になったり確定申告のデータ入力を省けたりするため、確定申告に関わる作業を効率化できます。また、各種行政手続のオンライン窓口である「マイナポータル」を使って、通院歴・入院歴やかかった費用なども閲覧可能です。

以下では、マイナンバーカードの取得から医療費控除を申告するまでの手順を解説します。

マイナ保険証を使って医療費控除の手続きをするには、まずマイナンバーカードを取得する必要があります。マイナンバーカードを持っていない人は、はじめにカードの交付申請をしましょう。

◆マイナンバーカードの申請

申請の方法は4種類です。申請時来庁方式のほかに、個人番号通知書および通知カードに同封された交付申請書などを使って郵送する方法、オンライン（パソコン・スマートフォン）を使う方法、街中の証明写真機を使う方法があります。

◆交付通知書の受け取り

申請後、審査を経て1ヶ月程度でマイナンバーカードが発行されます。カードを受け取った市区町村が交付のための作業を行った後、交付通知書が順次送付されるという流れです。

なおカードを受け取る前に市区町村外に引っ越した場合は、新居のある市区町村で再度申請しなければなりません。

◆マイナンバーカードの受け取り

交付通知書が手元に届いたら、以下を持参して市区町村の窓口でカードを受け取ります。

• 交付通知書（はがき）
• 通知カード（2020年5月以前に交付を受けている人）
• 本人確認書類
• 住民基本台帳カード（持っている人のみ）

最後に窓口で本人確認を行い、暗証番号を設定したらカードが交付されます。

なお、申請時来庁方式の場合は申請時に役所に行き、後日郵送（本人限定受取郵便または簡易書留で受け取る流れになります。

マイナンバーカードを健康保険証として使うために「初回登録」を行います。初回登録はパソコンやスマートフォンだけでなく、セブン銀行ATMでも対応可能です。

◆スマートフォンを使ったやり方

• マイナポータルアプリをインストールする
• アプリを起動して「健康保険証利用申込」をタップする
• 「マイナポータル利用規約」を確認し、「同意して次へ進む」をタップする
• スマートフォンを使ってマイナンバーカードを読み取る
• 利用者証明用電子証明書の暗証番号（4桁の数字）を入力する

◆パソコンを使ったやり方

• マイナポータルWebサイトにアクセスする
• ページ内の「利用を申し込む」をクリックする
• 「マイナポータル利用規約」を確認し、「同意して次へ進む」をクリックする
• ICカードリーダーにマイナンバーカードを挿入し、「申し込む」をクリックする
• 利用者証明用電子証明書の暗証番号（4桁の数字）を入力する

◆セブン銀行ATMを使ったやり方

• ATMの画面にある「マイナンバーカードでの手続き」をプッシュする
• 「健康保険証利用の申込み」をプッシュする
• 利用規約を確認し、マイナンバーカードを挿入する
• 利用者証明用電子証明書の暗証番号（4桁の数字）を入力する

マイナ保険証の登録作業が完了したら、マイナポータル上で医療費の情報を確認できるようになります。これは、マイナポータルが国税庁の電子申告・納税システム「e-Tax」と連携しているためです。

マイナポータルでは、2021年9月以降の毎月の医療保険の医療費通知情報を閲覧・取得できます。また、マイナ保険証に対応していない医療機関・薬局の医療費通知情報も閲覧可能です。医療費通知情報は医療機関などを受診した月の翌々月の11日から閲覧できるようになるので覚えておきましょう。

医療費に関する情報を確認したら、申告書を作成します。マイナポータルは国税庁の「確定申告書等作成コーナー」と連携しているため、医療費通知情報のデータを自動で転記することが可能です。1年間の医療費を確定申告書に自動で入力できることから、資料作成の効率化につながります。

なお、「確定申告書等作成コーナー」からオンラインで申請した場合、マイナポータルから自動転記した医療費に関しては領収書の保存義務がありません。

マイナンバーカードで医療費控除の申請をすれば医療費を確定申告書に自動で入力でき、領収書の保存義務もないので非常に効率的です。しかし、申請には以下の注意点もあります。

マイナポータル上では、医療機関の窓口や薬局で支払った「保険診療」に係る医療費のみ管理できます。そのため、自費診療の支払いや通院費、ドラッグストアでの医薬品購入など、マイナ保険証と連携していない情報は反映されません。

確定申告時に記載する1年分の医療費通知情報は、原則として翌年の2月9日に一括で取得できます。確定申告の申告期限は通常、「2月16日から3月15日まで」です。税金が戻ってくる場合の申告（還付申告）は2月15日を待たずに対応できますが、早めに還付申告したくても、2月9日になるまで医療費の自動入力はできないので注意しましょう。

「確定申告書等作成コーナー」でオンライン申請した場合、マイナポータルから自動転記した医療費については領収書の保存義務がありません。ただし、それに該当しない医療費の領収書は自宅で5年間保存する必要があります。マイナポータルのWeb画面やPDFを印刷・ダウンロードしたものは原本ではないため、大切に保存してください。

医療費控除は、「自分と生計を一にする配偶者や家族・親族」の分をまとめて申告できますが、マイナポータル上で取得可能な医療費通知情報は本人分のみです。家族・親族分の医療費も合算して申告したいなら、マイナポータル上で代理人設定をしなければなりません。また、本人・家族間で代理人設定をする場合には、家族もマイナンバーカードを取得している必要があります。

マイナ保険証によって、煩雑だった確定申告の作業を効率化できます。医療機関におけるマイナンバーカードを健康保険証として使えるシステムの導入が原則義務化されたこと、また2024年秋から現行の健康保険証が廃止される見込みであることなどから、「マイナ保険証」の登録がまだの人は早めに準備を考えておくとよいでしょう。

今回ご紹介した手順を参考に、マイナンバーカードを使って効率的に医療費控除の手続きを進めてみてください。

確定申告には青色申告と白色申告の2種類があります。どちらを選択するにしても、期限までに正確な内容の書類を作成し申告しなければいけません。

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各種保険やふるさと納税、住宅ローンなどを利用している場合は控除の対象となり、確定申告することで節税につながる場合があります。控除の種類によって控除額や計算方法、条件は異なるため、事前に調べなければなりません。

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完成した確定申告書を提出・納税して確定申告が完了！

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余裕をもって確定申告を迎えるためにも、ぜひfreee会計の利用をご検討ください。

「マイナ保険証」を使って医療費控除を申告する大まかな流れは以下の通りです。

• STEP1：マイナンバーカードを取得
• STEP2：マイナンバーカードを健康保険証として登録
• STEP3：マイナポータル上で医療費通知情報を確認
• STEP4：確定申告書等作成コーナーで申告書を作成

マイナンバーカードの申請や健康保険証として登録する方法は複数あるため、自分にとってやりやすい方法でトライしてみましょう。

詳しくは記事内の「マイナンバーカードで医療費控除を申告する手順」をご覧ください。

新規に申請する場合は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」の「申告書等を作成する」のところにある「作成開始」をクリックします。マイナンバーカードを持っている場合は、「スマートフォンを使用してe-Tax」から進みましょう。

「確定申告書等作成コーナー」とマイナポータルは連携しているため、医療費通知情報のデータを自動転記できて便利です。

詳しくは記事内の「STEP4：確定申告書等作成コーナー（オンライン）で申告書を作成する」をご覧ください。

「自分と生計を一にする配偶者や家族・親族」の分をまとめて医療費控除申請する場合は、マイナポータルで代理人設定をしておく必要があります。理由は、マイナポータル上では本人分の医療費通知情報しか取得できないからです。また、本人・家族間で代理人設定をする場合は、家族もマイナンバーカードを取得している必要があるので注意しましょう。

詳しくは記事内の「家族分の申告には代理人設定が必要」をご覧ください。