年末調整の計算とは、従業員に支払う毎月の給与などから天引きした源泉徴収税額と、従業員が本来納めるべき所得税額の差分を求めることを指します。

各従業員の状況によって必要書類や過程が異なるほか、税法に基づいて従業員ごとに正確に計算しなければならないので注意が必要です。とくに2025年分では、基礎控除や給与所得控除の引き上げが行われているため、最新ルールを正しく押さえておく必要があります。

本記事では2025年分の年末調整の計算方法や計算例、必要書類についてわかりやすく解説します。改正後の制度に対応した年末調整の流れを理解し、自社の実務に役立ててください。

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• 年末調整の計算とは
• 年末調整の年調年税額を求める8ステップの計算方法
• Step1. 給与総額・社会保険料・源泉徴収税額を集計する
• Step2. 給与総額から給与所得額を算出する
• Step3. 所得控除の金額を計算する
• Step4. Step2からStep3を差し引き課税所得額を計算する
• Step5. Step4から算出所得税を求める
• Step6. Step5から住宅ローン控除を差し引く（該当者のみ）
• Step7. 復興特別所得税を加えて年調年税額を算出する
• Step8. 年調年税額と源泉徴収税額の過不足を精算する
• 年末調整の複雑な手続きを効率化
• 年末調整の計算例【2025年の新控除額対応】
• 計算例1：配偶者（収入なし）と16歳の子どもが1人いる既婚者
• 計算例2：ひとり親の場合
• 年末調整の計算で注意すべきポイント
• 扶養親族の人数変更の記載漏れがないか
• 従業員に控除の必要書類の保管を徹底してもらう
• 年末調整の計算に必要な書類
• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書
• 2025年の年末調整を簡単に行う方法
• まとめ
• よくある質問

年末調整の計算とは、従業員に支払う毎月の給与などから天引きした源泉徴収税額と、従業員が本来納めるべき所得税額の差分を求めることです。

年末調整の計算で求めた源泉徴収税額と本来納めるべき所得税額（年調年税額）の差分は、その年最後の給与や賞与で還付もしくは追加徴収します。なお、就業規則で12月の給与を1月に支払うと定めている場合は、その支給時に精算します。

会社は原則として、年末まで在籍している従業員の年末調整を行わなければなりません。ただし、給与収入が2,000万円を超える場合などは対象外です。

計算方法や基本的な流れは共通ですが、従業員ごとに給与等の支給額や適用される控除とその額が異なるため、実際の計算作業は煩雑になりがちです。

計算を間違えることのないよう、年末調整の計算方法や各種控除について正しく理解しておきましょう。

年末調整についての詳細は別記事「【2025年最新】年末調整の書き方まとめ！書類別にわかりやすく解説（記入例つき）」をあわせてご確認ください。

年末調整によって、年調年税額を求めるためにはいくつかの流れが存在します。

年末調整の計算方法は、1年間の給与総額から給与所得額を算出したり、所得控除を計算したりするなどの過程を踏んで計算されます。

給与総額から年調年税額を求めるまでの主な計算の流れは、以下のとおりです。

この流れを手順ごとにまとめると、年末調整の計算は以下の手順にしたがって従業員ごとに行います。

年末調整の計算の各手順において使用する各種書類については、記事内「年末調整の計算に必要な書類」をご参照ください。

まずは、従業員一人ひとりの1年間の給与総額、給与から天引きした社会保険料、源泉徴収税額の集計作業を行います。

1年間の給与総額を計算します。ここでの「給与」とは、その年の1〜12月に受け取った給与のほか、賞与や手当も含まれます。年末までの給与・賞与の金額が確定していない段階で計算する際は、これまで支払われた給与・賞与に基づいて見積額を算出します。

また、公共交通機関を利用時の「通勤手当」は集計対象に含まれません。通勤手当は、1ヶ月あたり15万円まで非課税となるためです。つまり「基本給+通勤手当以外の各種手当の合計」が集計対象となります。

各従業員へ支払う毎月の給与から差し引いた社会保険料（健康保険料、厚生年金保険料など）の額を集計します。こちらも、給与から差し引いたものと賞与から差し引いたものを分けて計算し、それぞれの額が出たら総額を計算します。

従業員ごとに、給与や賞与から天引きした源泉徴収税額を集計します。

ここで集計した源泉徴収税額と、最終的に算出される年調年税額との差額を、還付または追加徴収することとなります。

次に、Step1で求めた給与総額から給与所得控除を差し引き、給与所得を求めます。

なお、2025年の税制改正により給与所得控除額が一部変更となりました。具体的には、下表のように定められています。

給与総額が660万円未満の際は「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」から給与所得額を求めることもできます。

また、給与総額が660万円以上の場合は、下記の速算表に基づく簡易的な方法で給与所得額を求めることも可能です。

このとき、その年の給与総額が850万円を超えており、かつ以下のいずれかの条件を満たしている場合には所得金額調整控除（子ども・特別障害者等を有する者等の所得金額調整控除）が適用されます。

所得金額調整控除は、給与所得から以下の金額を控除します。

条件②の場合、所得金額調整控除は、給与所得から以下の金額を控除します。

所得金額調整控除についての詳細は別記事「年末調整の所得金額調整控除とは？概要や申告書の書き方をわかりやすく解説【令和6年（2024年）版】」をあわせてご確認ください。

給与所得額を算出したら、そこから差し引く「所得控除」の合計を求めます。所得控除は全部で15種類あり、どの控除が適用されるかは各従業員の状況によって異なります。主な所得控除は以下のとおりです。

なお、以下の所得控除は、年末調整で対応可能なものに限ります。

このとき、Step1で算出した給与から天引きした社会保険料は、「社会保険料控除」に含めて合算します。

また、2025年には基礎控除額や扶養控除の所得要件が改正されました。基礎控除額は合計所得金額に応じて58万～95万円の範囲で適用されています。扶養親族・配偶者控除の所得要件も、48万円以下から58万円以下に引き上げられました。

出典：国税庁「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」

そのほか、従業員ごとの所得控除の有無や内容は、年末調整時に各従業員から回収する以下の所得控除の申告書と、生命保険料控除などの証明書をもとに確認・集計します。

Step2で求めた給与所得からStep3で求めた所得控除を差し引いて、課税所得額を算出します。

この課税所得額に対して所得税が課されます。このとき、1,000円未満は切り捨てて計算します。

Step4で求めた課税所得額に所得税率をかけて、所得税額を算出します。所得税率は下表の速算表のとおり、課税所得額に応じて段階的に設定されています。このとき、下表に記載されている控除額を差し引くことも忘れないようにしましょう。

上記をまとめて以下の計算を行うと、算出所得税額が求められます。

速算表は以下のとおりです。

次に説明するStep6の住宅ローン控除の適用がない場合には、ここで算出した「算出所得税額」がそのまま「年調所得税額」となります。

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の適用がある従業員は、Step5で求めた金額から住宅ローン控除額を差し引きます。

住宅ローン控除の適用がある場合、該当する従業員から「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼 （特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書」と、住宅ローンに関する証明書を回収します。

住宅ローンの控除額は、従業員から提出された証明書に記載されている、年末時点におけるローン残高に控除率を掛けた金額です。

控除限度額は、一般住宅であれば年間で40万円、認定住宅であれば年間50万円と定められています。

年末調整の際に住宅ローン控除の手続きが必要になるのは、住宅ローンの適用2年目以降です。適用1年目は住宅ローン控除の申告を従業員自身が確定申告で行うため、年末調整の計算に住宅ローン控除は含まれません。

Step3の所得控除とは異なり、住宅ローン控除は所得税から直接控除額を差し引く「税額控除」です。よって、Step5で求めた算出所得税額から住宅ローン控除を差し引くことで、年調所得税額が求められます。

なお、住宅ローン控除額が算出所得税額を上回り控除しきれない場合、年調所得税額は0円となり、控除しきれない金額は切り捨てることとなります。

出典：国税庁「一般住宅の新築等をした場合（住宅借入金等特別控除）」
出典：国税庁「認定住宅の新築等をした場合（住宅借入金等特別控除）」
出典：国税庁「年税額の計算」

Step5もしくはStep6で求めた年調所得税額に「復興特別所得税」を加えた年調年税額を算出します。

「復興特別所得税」とは、東日本大震災の復興を目的として設けられた、所得税とあわせて納めなければならない税金のことです。2013年から2037年までの期間、所得税額に基づいて上乗せされることになっています。

Step5で求めた金額（住宅ローン控除が適用される場合はStep6で求めた金額）に「復興特別所得税」を加算し、支払うべき所得税額（年調年税額）を算出します。このとき、100円未満は切り捨てます。

具体的な計算式は以下のとおりです。

ここで算出された金額が、その年に従業員が支払うべき所得税額です。

前述のとおり、復興特別所得税は住宅ローン控除を差し引いた後の金額に加算されるので、Step6の時点（住宅ローン控除が適用された時点）で金額がマイナスになっていた場合、この計算をする必要はありません。

出典：国税庁「個人の方に係る復興特別所得税のあらまし」

最後に、Step1で集計した源泉徴収税額と、ここまでの手順で算出した年調年税額を比較し、過不足額を計算のうえ追加徴収または還付額の精算を行います。この精算をもって、年末調整における一連の計算作業が完了します。

年末調整の計算は、多くの従業員を抱える企業ほど手作業では煩雑になり、ミスや作業時間の増加につながります。

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前述した計算方法をもとに、年末調整の計算例をいくつか挙げ、解説します。

まずは、給与総額から給与所得額を求めます。給与総額が660万円未満であることから、「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」より、給与所得額は425万4,400円であることが分かります。

続いて、給与所得額から所得控除の合計額を差し引き、課税所得額を求めます。

Aさんは配偶者と16歳の子ども1名を扶養していることから、配偶者控除38万円、扶養控除38万円を受けられます。そのほか、保険料に関する所得控除と、基礎控除をあわせ、所得控除の合計額は以下のとおり求められます。

給与所得額より所得控除の合計額228万6,525円を差し引き、課税所得額を求めます。

1,000円未満を切り捨て、課税所得額は196万7,000円です。

続いて、課税所得額から算出所得税額を求めます。計算式は以下のとおりです。

Aさんの場合、住宅ローンの支払いはないため、住宅ローン控除は対象外となります。

最後に、算出所得税額に復興特別所得税の税率をかけ、年調年税額を算出します。

算出した101,283円から100円未満切り捨てとなるため、年調年税額は101,200円です。

100円未満を切り捨てた10万1,200円が、Aさんが納付すべき所得税及び復興特別所得税（年調年税額）となり、すでに源泉徴収された14万595円と比べると3万9,395円の超過となります。この超過分は、12月または翌年1月にAさんに還付します。

次に、18歳の子ども1名を扶養する、ひとり親のBさんのケースについて解説します。

まず、給与総額から給与所得額を求めます。給与総額は420万円のため「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」より給与所得額は292万円ということが分かります。

続いて、所得控除の合計額を計算します。

Bさんは独身で扶養親族を有する男性のため、ひとり親控除35万円が受けられます。そのほか、扶養控除38万円、基礎控除58万円と、上述のとおり社会保険料控除と生命保険料控除も適用されます。所得控除の合計額は以下のとおりです。

給与所得額から所得控除の合計額を差し引き、課税所得額を求めます。

1,000円未満を切り捨てた102万円がBさんの課税所得額です。課税所得金額が195万円以下のため、所得税率5%を掛けて算出所得税額を計算します。

Bさんは住宅ローンの支払いをしていないため、ここでは控除対象外となります。

算出した所得税額5万1,000円に復興特別所得税率を掛け、年調年税額を算出します。

52,071円から100円未満切り捨て、年調年税額は52,000円となります。

100円未満を切り捨てた5万2,000円が、Bさんの年調年税額（所得税及び復興特別所得税）です。すでに源泉徴収された11万2,200円と比べると6万200円の超過となり、この超過額をBさんに還付します。

年末調整の計算を行う場合には、扶養親族の人数変更の記載を正しく記入する必要があったり、生命保険や損害保険などの控除証明書を保存したりする必要があります。

年末調整の計算を行う際は以下の2点に注意しましょう。

源泉徴収税が不足したり、控除証明書を紛失したりすることで、年末調整の計算がスムーズに行えない可能性があります。

年末調整では、従業員からさまざまな控除の申告を受けるため、多くの場合は所得税が還付されます。

しかし、例外的に源泉徴収税額が不足するケースも生じます。

理由として、年の途中に従業員の扶養親族の人数が減ったことで扶養控除の金額が減り、源泉徴収税額が不足することが挙げられます。

扶養控除は、その年の12月31日時点の扶養親族の人数に基づき計算されるため、結婚、離婚、子どもの独立などで扶養親族の人数に増減が生じた場合は、年末調整の際に忘れずに記載してもらうよう、従業員へ伝えましょう。

なお、2025年分は扶養控除の対象となる親族の所得要件が緩和されています。合計所得金額58万円以下（給与所得のみなら123万円以下）のこれまで対象外だった家族がいる場合は、その方も対象になる可能性があります。

毎年10月頃に、加入している保険会社から各従業員に送付される生命保険や損害保険などの控除証明書は、年末調整の際に必要となります。

年末調整をスムーズに進めるために、従業員には事前に各控除証明書をなくさないよう大切に保管しておいてもらうよう通達しておきましょう。

年末調整の所得控除・税額控除の計算のために従業員から回収する申告書は4点です。

年末調整に必要な申告書は、具体的に以下の4種類があります。

そのほか申告書の内容を証明する各種証明書についても、申告書とあわせて従業員から回収します。

ここでは、各申告書の概要を解説します。

出典：国税庁「令和7年分 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」

「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」（以下、扶養控除等申告書）は、年末調整の対象となるすべての従業員に提出してもらう必要があります。扶養控除等申告書では、扶養控除や障害者控除、ひとり親控除、寡婦控除などの申告ができます。

扶養控除等申告書で申告できる所得控除や、扶養控除等申告書の書き方についての詳細は別記事「扶養控除申告書の書き方を記入例つきで解説【令和7年（2025年）版】」をあわせてご確認ください。

出典：国税庁「令和7年分 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書」

「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書」は以下の3つの申告書に加え、2025年からは「給与所得者の特定親族特別控除申告書」がひとつにまとまった申告書です。

• 給与所得者の基礎控除申告書
• 給与所得者の配偶者控除等申告書
• 所得金額調整控除申告書

本申告書では、基礎控除と配偶者控除、配偶者特別控除、特定親族特別控除、そして所得金額調整控除を申告できます。従業員は適用される控除がある場合のみ必要事項を記入し提出を行いますが、ほとんどの給与所得者は基礎控除の適用対象となるため、基本的にはすべての従業員が本申告書を提出することとなります。

出典：国税庁「No.1199 基礎控除」
出典：国税庁「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」

出典：国税庁「令和7年分 給与所得者の保険料控除申告書」

「給与所得者の保険料控除申告書」は、年末調整での保険料控除の申告に用いる書類です。控除対象となる保険料には、生命保険料、地震保険料、社会保険料、小規模企業共済等掛金などがあります。

従業員の給与から天引きした社会保険料については、本申告書による社会保険料控除の申告は不要です。本申告書の社会保険料控除の欄は、従業員自身が個人で社会保険料を支払った場合や、同一生計の親族分の社会保険料を控除申告する場合にのみ記入を行います。

出典：国税庁「No.1130 社会保険料控除」

出典：国税庁「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書の記載例」

「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書」は、従業員が住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を申告する際に必要な書類です。

会社から従業員に交付するのではなく、従業員の居住地を管轄している税務署から従業員宛に本申告書が交付されます。

住宅ローンを借り入れしている従業員は、借り入れを行った金融機関から発行された年末残高等証明書に記載の情報を本申告書に記載し、会社に提出します。

なお、住宅ローン控除は所得控除ではなく税額控除のため、年末調整の計算の際には、算出所得税額から直接住宅ローン控除額を差し引くことに注意しましょう。

年末調整の計算や従業員からの書類の回収、年調減税への対応などに追われていませんか？

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年末調整の計算は、従業員ごとに適用される所得控除等の対象が異なるため、担当者にとっては手間のかかる業務だといえます。さらに、年末という特定の時期に作業が集中するため、スケジュールもかなりタイトになると想定されます。

年末調整作業を円滑に進めるためには、あらかじめ各従業員に対し、年末調整に必要な書類の提出について正確かつ明瞭にアナウンスし、催促の手間を減らすなどの体制作りが効果的です。

なお、関連する税法は高い頻度で改正が行われるため、税制改正に関する事前のキャッチアップも欠かせません。

年末調整の計算方法は、会社が従業員に支払ったその年の支払総額から給与所得控除や所得控除を差し引き算出した課税所得額から所得税を求め、さらに住宅ローン控除額を所得税額から差し引き確定した年調年税額と、源泉徴収税額との差分を求めることで完了します。

詳しくは、記事内「年末調整の年調年税額を求める8ステップの計算方法」をご覧ください。

年末調整では、扶養親族の人数変更がある際の記載漏れや、控除証明書の紛失などに注意しなければなりません。正しく処理されない場合は源泉所得税額と年調年税額に差が出て、追加徴収か還付の遅れにつながる可能性があります。

詳しくは、記事内「年末調整の計算で注意すべきポイント」で解説しています。

年末調整の所得控除・税額控除の計算のために従業員から回収する申告書は以下の4点です。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書

詳しくは、記事内「年末調整の計算に必要な書類」をご覧ください。