請求書に誤りがある場合は、訂正印で直すのではなく、新しい請求書を再発行して差し替えるのが基本です。

本記事では、請求書を差し替える手順、再発行時の注意点、旧請求書の破棄方法を解説します。

• 請求書を差し替える際の正しい手順
• 送付前に自社で誤りに気づいた場合
• 送付後に自社で誤りに気づいた場合
• 取引先から誤りを指摘された場合
• 請求書の保存義務と破棄が必要になる場面
• 法人・個人事業主の保存期間
• 破棄が必要となる代表的なパターン
• インボイス制度における請求書の差し替え・修正
• 売り手には「修正した適格請求書」の交付義務がある
• 修正した適格請求書の2つの交付方法
• 買い手は受領した適格請求書を勝手に修正できない
• 請求書を再発行する際の注意点
• 再発行請求書の基本ルール
• 支払期日と入金済みの扱い
• 請求書差し替え時のメール・送付状の文例
• 自社の記載ミスによる再発行（送付状）
• 取引先からの指摘による再発行（メール本文）
• 取引先の紛失依頼に応じる再発行（送付状）
• 電子化した請求書の保存と破棄
• スキャナ保存で紙原本を破棄するための要件
• 電子取引データは電子のまま保存する
• 請求書の正しい破棄方法
• 紙の請求書はシュレッダーまたは溶解処理
• 電子データは完全削除を確認する
• 請求書のミスを防ぐための対策
• ダブルチェック体制を整える
• 請求書発行システムを導入する
• まとめ
• 無料で請求書・見積書を発行したいならfreee請求書がおすすめ
• よくある質問

請求書の差し替えとは、誤りや紛失があった請求書を新しい請求書で置き換える対応です。原則として訂正印や二重線での修正は行わず、正しい内容で再発行し、旧請求書は取引先に破棄してもらいます。

二重線・訂正印は違法ではないものの、改ざんを疑われるため推奨されません。手順は、誰がいつ誤りを発見したかによって変わります。

送付前にミスを発見した時点で、誤った請求書を社内ですぐに破棄し、正しい内容で作成し直します。まだ取引先に渡っていないため、相手への連絡や謝罪は不要です。

誤った請求書はシュレッダー処理または溶解処理で確実に破棄します。デスクの引き出しや書類トレイに残しておくと、後日誤って送付してしまうリスクがあるためです。電子データの場合も、誤ったPDFはサーバーから削除し、正しいデータと混在させない管理が必要です。

取引先に請求書を送った後で誤りに気づいた場合は、次の手順で対応します。

取引先が誤りに気づかないまま入金すると、差額の返金や仕訳の修正で双方の経理負担が増大します。発行側のミスである以上、最優先の連絡が信頼維持につながるのです。

取引先からの指摘で誤りが判明した場合は、まず指摘内容を社内で確認します。発注書・納品書・契約書・控えと照合し、本当に自社の誤りか、取引先側の誤認かを切り分けましょう。自社の誤りと確認できたら、電話やメールで謝罪し、訂正した請求書を再発行して送付します。

指摘から再発行までの時間が長引くと、支払処理に間に合わない恐れがあります。原因を確認し、速やかに再発行しましょう。

請求書は請求そのものに必要な書類であると同時に、請求が行われたことを証明する書類でもあります。そのため、請求業務が終了した後も法令で定められた期間の保存義務が生じるのです。一方で、実務的には差し替えなどで請求書の破棄が必要となる場面も存在します。

法人の場合、事業年度の確定申告期限の翌日から原則7年間、請求書を保存しなければなりません。青色申告書を提出した事業年度で欠損金額（赤字）が生じた場合は10年間に延長されます。

個人事業主の場合は、所得税の青色申告者・白色申告者ともに原則5年間（青色の一部書類は7年）、消費税の課税事業者は7年間の保存が必要です。

保存対象は、自社が発行した請求書の控えと、取引先から受け取った請求書の両方です。いずれも税務調査の対象になります。実務上は長い方の7年間で統一して保存すれば、申告区分や課税事業者の該当判定が変わっても対応可能です。

保存義務がある一方で、実務的には請求書の破棄が必要となるケースがあります。いずれも放置すると二重請求や情報漏洩のリスクがあるため、適切な手順での破棄が欠かせません。

＜破棄が必要となる代表的なパターン＞

紛失による再発行は、原則として最初の請求書と同じ発行日・同じ金額で作成し、「再発行」と明記します。

振込先変更では旧口座への誤振込が起きやすいため、「振込先変更につき再発行」「旧請求書の破棄をお願いします」と送付状やメールで明記します。

2023年10月に開始したインボイス制度（適格請求書等保存方式）では、適格請求書（インボイス）の修正・再発行に関するルールが厳格化されました。買い手による自社修正は原則できず、修正対応の主体は売り手の適格請求書発行事業者となります。

適格請求書発行事業者は、交付した適格請求書・適格簡易請求書・適格返還請求書の記載事項に誤りがあった場合、相手方に対して修正したインボイスを交付する義務があります。

適格請求書（インボイス）に誤りがある場合は、買い手の仕入税額控除に影響するため、誤りに気づき次第、速やかに修正版を交付します。修正した場合は、訂正前後の内容を確認できるように保存しておきましょう。

国税庁のQ&A問33では、修正した適格請求書の交付方法として次の2つが認められています。

前者は新しい請求書をまるごと差し替える方法、後者は「○月○日付の請求書（請求書番号：No.1001）の金額を訂正します」という訂正書類のみを追加で交付する方法です。実務上は、買い手の処理が簡潔になる前者が選ばれやすい傾向があります。

インボイス制度では、買い手が受領した適格請求書に追記や修正を加えることは原則として認められていません。記載内容に誤りがあった場合、買い手は売り手に再交付を依頼する必要があります。

ただし例外として、買い手が一定の事項を記載した仕入明細書等を作成し、売り手の確認を受けることで、その仕入明細書等を仕入税額控除の根拠とすることは可能です（仕入明細書方式）。この場合も、買い手単独の判断で修正できるわけではありません。

請求書を再発行する際は、二重請求と支払期日の混乱を防ぐため、いくつかの実務ルールを押さえる必要があります。元の請求書との区別を明確にし、取引先の経理処理が円滑に進むようにするのです。

再発行請求書では、元の請求書と取り違えられないよう、次の点を整えます。

＜再発行請求書の基本ルール＞

発行日を変更すると売上計上時期が変わったと誤認され、二重請求や月跨ぎの計上ミスにつながります。請求書番号は、新規番号だと別取引と誤認され、同一番号だと重複エラーを招くため、枝番方式が実務上の落としどころです。

支払期日は、原則として最初の請求書と同じ日付を記載します。再発行が支払期日後にずれ込んだ場合は、取引先と協議のうえ期日を再設定しましょう。延長の有無と新たな期日は、送付状やメールで明示します。

取引先がすでに支払いを終えた後で再発行する場合は、備考欄に「○月○日付で入金済み。本書は記録訂正のための再発行であり、追加振込は不要」と明記します。再度振込が実行されると返金処理が必要になるため、入金状況の確認と明記が二重支払い防止の最後の防波堤になります。

請求書を差し替える際は、再発行した請求書と一緒に送付状またはメール本文で、再発行の理由・旧請求書の破棄依頼・支払期日を明示します。状況別に3つの文例を示します。

発行側の記載ミスが原因の場合の送付状文例です。謝罪と訂正内容、旧請求書の破棄依頼を簡潔に伝えます。

取引先から記載ミスを指摘された場合のメール文例です。指摘への謝意と、訂正内容・破棄依頼を伝えます。

取引先が請求書を紛失して再発行を依頼してきた場合の送付状文例です。紛失元の請求書が見つかった際の破棄依頼を入れておきます。

紙の請求書はかさばるため、スキャナで読み取って電子データとして保存することで、保管スペースを削減し、再発行時の対応も迅速化できます。電子帳簿保存法の要件を満たせば、電子データを正本として扱い、紙原本を破棄することも可能です。

紙で受け取った請求書をスキャナ保存制度の要件を満たして電子化した場合、紙原本を破棄できます。主な要件は次のとおりです。

令和4年1月1日施行の改正で事前承認は廃止され、要件を満たせば税務署への申請なしに電子化と紙破棄が可能です。要件を満たさないまま破棄すると保存義務違反となり仕入税額控除が否認されるリスクがあるため、電子化と破棄はセットで要件を確認します。

メールで受け取ったPDF請求書、EDIで授受した請求書データ、ECサイトからダウンロードした請求書など、電子的に授受したデータは電子のまま保存することが義務付けられています。紙に印刷して保存することは原則として認められません。

令和6年1月1日以降、電子取引データの電子保存は完全義務化されています。ただし「相当の理由」がある事業者向けの猶予措置は期限の定めなく継続しているため、対応状況に応じて確認が必要です。なお電子帳簿保存法では訂正・削除の履歴が残ることが要件の一つとされるため、電子請求書を差し替える際は旧データを単純に上書き削除せず、訂正履歴が残る形で管理します。

請求書は取引先や金額などの機密情報を含むため、廃棄する際は情報漏洩を防ぐ方法を選びます。差し替えで不要になった請求書、保存期間が満了した請求書のいずれも、シュレッダー処理または溶解処理が基本です。

少量の請求書を破棄する場合は、自社のシュレッダーで裁断する方法が手軽で確実です。クロスカットまたはマイクロカットのシュレッダーを使い、復元できないレベルまで細断します。ストレートカットは復元リスクがあるため、機密情報の処理には不向きです。

大量に一括で破棄する場合は、専門業者の溶解処理サービスが効率的です。専用回収ボックスに入れたまま回収・溶解する仕組みのため、社内での裁断作業が不要になります。処理証明書を発行する業者なら、ISO認証や情報セキュリティ監査の場面で破棄実績を提示できるでしょう。

電子化した請求書を破棄する場合は、ファイルの削除だけでなく、ゴミ箱からの完全削除、バックアップデータからの削除、クラウドストレージのバージョン履歴削除まで確認します。

特にクラウド会計や請求書発行システムでは、削除後も一定期間は履歴やアーカイブから復元できる設計が一般的です。保存期間満了に基づく完全削除と、差し替えのための論理削除を意図して使い分けます。

差し替え・破棄の手間を根本から減らすには、ミスが発生しない仕組みを作ることが最も効果的です。請求書のミスはヒューマンエラーが大半を占めるため、ダブルチェック体制の整備と請求書発行システムの導入が有効です。

作成者本人だけでなく、別の担当者または上長が金額・宛名・振込先・取引内容を確認するダブルチェック体制を整えます。特に振込先口座、消費税率、適格請求書発行事業者の登録番号は、変更頻度は低いものの誤ると影響が大きく、チェックリストの必須項目です。

ミスが繰り返し発生する場合は、直近の再発行件数を「金額誤り」「宛名誤り」「日付誤り」「振込先誤り」などに分類して集計し、最も多い原因に重点的な対策を打つと効果が高まります。

仕組みとして効果が高いのが、請求書発行システムの導入です。見積書や受注データから請求書を自動生成するため手入力によるミスを大幅に減らせるうえ、次のような業務も一元化できます。

freee会計の請求書機能を使えば、取引先・品目・税率・登録番号をマスタ管理して請求書を発行でき、適格請求書の要件にも自動対応。差し替え時も再発行とバージョン管理がシステム上で完結するため、紙運用にありがちな「旧版が手元に残ったまま送ってしまう」事故を防げます。

請求書の誤りは訂正ではなく再発行で対応し、旧請求書は取引先に破棄してもらうのが基本です。再発行時は「再発行」明記・発行日維持・枝番管理・支払期日維持の4点を守り、破棄依頼を明示します。インボイス制度の修正交付義務や電子帳簿保存法の電子保存義務にも注意しましょう。

差し替えの頻度を減らすには、ダブルチェック体制と請求書発行システムの導入が効果的です。freee会計の請求書機能はインボイス制度・電子帳簿保存法に標準対応しています。

請求書や見積書の作成は、お金が絡む業務なので少しのミスが重大な問題に発展する場合もあります。請求・見積業務を負担に感じる方には、無料で請求書・見積書を発行できるfreee請求書の利用がおすすめです。

ここからはfreee請求書を利用するメリットについて紹介します。

freee請求書は見積書や発注書など、請求書以外にもさまざまな書類を簡単に作成することが可能です。

またフォームに沿って入力した内容がリアルタイムで書類上に反映されるため、プレビューを見ながら簡単に書類を作成できます。入力が必要な項目はあらかじめ設定されており、消費税（内税・外税）や源泉税なども自動計算されます。

freee請求書を利用することで、入力漏れや計算ミスなどを未然に防ぎ、正確な書類をスピーディに作成できるようになります。

2023年10月からインボイス制度が施行されました。インボイス制度の制度施行に伴い、インボイス制度の要件を満たした適格請求書の交付、計算方法の変更、インボイスの写しの保存義務化など請求書業務の負担が増えることが予想されています。

freee請求書では、金額を入力するだけでインボイスの計算方法で自動計算し、適格請求書の項目も満たした請求書を作成・発行することが可能です。

また、作成した請求書は電子保存されるため、インボイスの写しの保存義務化にも対応できます。

freee請求書には40種類以上のテンプレートが用意されています。その中から自分にあったテンプレートを選択して書類を作成できます。書類に記載する項目はテンプレートから変更を行うことも可能です。

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請求書は取引を証明する重要な証憑書類のため、原則として破棄できません。法人は事業年度の確定申告期限の翌日から7年間（青色赤字の場合10年）、個人事業主は5年または7年の保存義務があります。

ただし、保存期間が満了した場合、誤発行で差し替えが必要な場合、紛失で再発行する場合、電子帳簿保存法のスキャナ保存要件を満たして電子化した場合は破棄が可能です。

詳しくは「請求書の保存義務と破棄が必要になる場面」で解説しています。

差し替え依頼の送付状やメールに明記すべきは、再発行の理由・訂正内容（自社ミスの場合）・旧請求書の破棄依頼・支払期日の4点です。

自社のミスの場合は冒頭で謝罪を、取引先の紛失依頼への対応の場合は「再発行」の明記と旧請求書の破棄依頼を入れます。

詳しくは「請求書差し替え時のメール・送付状の文例」で解説しています。

請求書に金額誤りがあった場合でも、実際の取引内容に基づく正しい金額の支払い義務は変わりません。誤った金額で記載された請求書をそのまま支払う必要はなく、売り手に訂正請求書の再発行を依頼するのが正しい対応です。

適格請求書（インボイス）の場合、誤った請求書のままでは買い手の仕入税額控除が認められない恐れがあるため、必ず売り手に修正版の交付を依頼する必要があります。

詳しくは「インボイス制度における請求書の差し替え・修正」で解説しています。