年末調整は会社に課された法的義務であり、対応を怠ると罰金や追徴課税などのリスクがあります。不要なトラブルや損失を防ぐには、年末調整の仕組みを理解し、正しく業務を遂行することが欠かせません。

本記事では、経営者・人事労務担当者向けに「年末調整しないとどうなるのか」をわかりやすく解説し、忘れた場合の正しい対処法や円滑に進めるためのポイントも紹介します。

年末調整をしない場合のリスクを把握し、業務をスムーズに進めたい方はぜひ最後までご覧ください。

• 年末調整を行うのは会社の義務
• 【会社側のリスク】年末調整しないとどうなるのか？
• 1.罰金や拘禁刑が科される可能性がある
• 2.追徴課税が発生する
• 3.資産を差し押さえられることがある
• 4.社会的信用や従業員からの信頼を失う
• 年末調整をしない場合の従業員のデメリット
• 1.税金の還付を受けられない
• 2.受けられるはずの控除を申告できない
• 3.翌年の住民税の金額が高くなる可能性がある
• 4.確定申告の手間がかかる
• 年末調整の対象となる人
• 年末調整の対象とならない人
• 1.給与所得者の扶養控除等（異動）申告書を提出していない
• 2.年収160万円以下で所得税の源泉徴収がない
• 3.給与収入が年間2,000万円を超えている
• 4.災害減免法が適用されている
• 年末調整を忘れてしまった場合の対処法
• 従業員に確定申告をしてもらう
• 還付申告制度を利用する
• 年末調整を円滑に進めるための4つのポイント
• 1.スケジュールを立てて計画的に進める
• 2.電子化する
• 3.年末調整ソフト（システム）を導入する
• 4.年末調整の代行サービスを利用する
• まとめ
• 2025年の年末調整を簡単に行う方法
• よくある質問

年末調整は、雇用主（会社）が従業員に代わって所得税の差額を清算する手続きです。

毎月の給与から天引きされる所得税は、年間の収入が確定していない段階で計算される概算額に過ぎません。そのため、実際の収入や控除額に応じた正しい税額を算出し、払い過ぎていれば還付、不足していれば追加徴収する必要があります。

年末調整は、所得税法第190条を根拠に「会社の義務」として明確に定められています。会社は源泉徴収している税金を正しく納めるため、毎年必ず年末調整を実施しなければなりません。

つまり、年末調整は会社が果たすべき重要な税務手続きであり、従業員にとっても正しく納税するために欠かせない仕組みといえます。

年末調整の仕組みについて詳しく知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

【関連記事】
【2025年最新】年末調整とは？対象者や必要書類、手順までを簡単解説！

年末調整の手続きを怠った場合、会社は法的・金銭的に大きなリスクを負うことになります。具体的なリスクは以下のとおりです。

それぞれのリスクを確認し、適切な対応の重要性を理解しましょう。

会社が年末調整の義務を正当な理由なく怠った場合、所得税法の規定により「1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金」が科される可能性があります。

意図的な虚偽申告などの悪質なケースではさらに重い罰則が適用され、「10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金」が科されるおそれもあります。

年末調整を怠ることは、会社にとって重大な法的リスクを伴うため注意が必要です。

出典：国税庁「第７　その他の所得に対する源泉徴収」

年末調整を行わず所得税を正しく納めない場合、延滞税や加算税などの追徴課税が発生します。

延滞税は納付期限の翌日から納付日までの日数に応じて課され、2ヶ月以内は最大で原則年7.3％、その後は最大で原則年14.6％の税率が適用されます。過少申告加算税や虚偽申告による重加算税が課される場合もあり、納めるべき税額以上の負担を強いられるかもしれません。

年末調整を怠ることは会社の資金繰りに影響する深刻なリスクです。手続きが遅れた場合であっても、早期に納付すれば金銭的なダメージを最小限に抑えることが可能です。

追徴課税についての詳細は、以下の記事をご確認ください。

【関連記事】
追徴課税とは？計算方法や対象期間、払えない場合について解説

出典：国税庁「No.9205 延滞税について」
出典：国税庁「延滞税の計算方法」

年末調整を行わず、納付すべき税金を滞納したまま放置すると、最悪の場合、会社の資産が差し押さえられることがあります。

ただし、すぐに資産が差し押さえられるわけではありません。税務署はまず督促状を送付し、それでも納税に応じなければ、電話や書面で直接催促を行います。税務署から繰り返し督促を受けたにもかかわらず納税を怠った場合に、預金や不動産などの資産差し押さえに発展します。

銀行口座が凍結されると、事業運営に支障をきたし、最終的に倒産に至る可能性もあるでしょう。

法的な罰則や金銭的な損失に加えて、年末調整をしないことは従業員の信頼や社会的信用を失う要因のひとつにもなり得ます。

会社が年末調整を行わなければ、従業員は自ら確定申告をしなければなりません。特に年末調整に慣れている従業員にとって、複雑な計算や手続きは不満やストレスの原因となり、会社への信頼低下につながるでしょう。

また、税務手続きの不備は社会的なモラルやコンプライアンス意識の欠如とみなされ、取引先や顧客からの信用が損なわれる可能性もあります。結果として、従業員のモチベーション低下や離職リスクの増加、企業ブランドへの悪影響を招くおそれがあります。

会社が年末調整をしないと、従業員はさまざまな不利益を被ります。主なデメリットは次の4つです。

会社は年末調整しないとどうなるかを正しく理解し、適切に対応することが求められます。

年末調整をしないと、従業員は過剰に徴収された所得税の還付を受けられません。

給与から毎月源泉徴収される税金は概算で計算されているため、多くの場合、年末調整で過不足を精算することで税金の還付を受けられます。しかし、会社が年末調整を行わない場合、従業員は払い過ぎた税金をそのまま支払うことになり、手取りが減るだけでなく金銭的な不利益も生じます。

年末調整を行わないと、従業員は本来受けられるはずの控除を申告できなくなります。年末調整で適用される主な控除は、以下のとおりです。

控除とは、課税所得を減らし、税負担を軽減するための制度です。年末調整が行われないと、従業員はこれらの控除を受けられず、税額が増えてしまいます。年末調整は、払い過ぎた所得税を調整するだけでなく、控除を正しく適用することで、税金の負担を抑える役割も果たしています。

控除の仕組みや手続きについては、以下の記事を参考にしてください。

【関連記事】
控除とは？制度の目的や所得控除と税額控除の違いや手続きについて解説

年末調整を行わないと、控除が正しく反映されず、翌年の住民税に影響する可能性があります。

住民税は前年の所得をもとに計算されますが、年末調整が行われないと従業員の所得や控除情報が自治体に正確に伝わらず、控除が反映されないまま税額が計算されることがあります。所得が実際より高く見積もられることで、従業員は住民税を多く支払わなければなりません。

住民税を過大に支払うことになれば、家計の負担が増える可能性も無視できません。

住民税の計算方法については、以下の記事で詳しく解説しています。控除が反映される仕組みを正しく理解しておきましょう。

【関連記事】
住民税の計算方法とは？税率や計算シミュレーションを紹介

年末調整が行われない場合、従業員は自分で確定申告を行う必要があります。

確定申告では、給与・控除額の計算や必要書類の準備、税務署への提出など、すべて個人で対応しなければなりません。申告手順に慣れていない従業員も多く、申告ミスのリスクも考えられます。

会社が年末調整の義務を怠ることは、従業員に不要な負担をかけ、手間やストレスを増やすことになります。年末調整を適切に実施し、従業員の負担を軽減することは、会社の重要な役割のひとつです。

確定申告にどのくらい手間がかかるかを理解することが、年末調整の重要性を再認識するきっかけにもなります。以下の記事で確定申告の詳細を確認してみましょう。

【関連記事】
確定申告とは？全くわからない人向けにやり方・対象者をわかりやすく解説！

年末調整は、原則として会社に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している従業員で、1年を通じて勤務している人や、年の途中で就職して年末まで勤務している人が対象です。

年末調整は12月だけでなく、年の途中に行う場合もあります。このケースに該当するのは、以下のような人です。

年の途中で退職した人であっても、上記に当てはまらない人は年末調整の対象になりません。

出典：国税庁「No.2665 年末調整の対象となる人」

一定の条件に当てはまる従業員は、会社が行う年末調整の対象外です。対象外となるのは、以下の4つのケースです。

会社は、対象外となる従業員に対して確定申告の必要性を周知し、年末調整の未実施によるリスクを管理する必要があります。

年末調整を行うためには、従業員が「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出していることが前提です。申告書が提出されていない場合、当該従業員の年末調整を行う必要はありません。

複数の勤務先から給与を得ている従業員は、主たる勤務先にのみ申告書を提出するため、そのほかの勤務先の年末調整が対象外となります。会社は、申告書を提出していない従業員に対して確定申告を行う必要があることを案内することで、税務リスクを回避できます。

出典：国税庁「No.2520 2か所以上から給与をもらっている人の源泉徴収」

年間の給与が160万円以下で、所得税の源泉徴収が発生していない従業員は、年末調整の対象外です。

年末調整は、前払いされた税金の過不足を精算する手続きです。源泉徴収がない場合、年末調整を実施しても税額に変動が生じないため、手続きを行う必要はありません。

ただし、年収160万円以下であっても、自社で源泉徴収をしていれば還付金が発生するため、年末調整が必要です。

出典：国税庁「令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」

年間給与が2,000万円を上回る従業員は、年末調整の対象外です。

こうした従業員は、自身で確定申告を行う必要があると所得税法で定められています。会社は年末調整を誤って行わないよう注意し、年末調整が実施されない旨と確定申告の必要性を当該従業員に案内しましょう。

大規模災害により住宅や家財に一定基準以上の損害を受けた被災者には、災害減免法が適用されることがあります。

災害減免法の適用を受けた従業員は、所得税の納税が一定期間猶予されるため、年末調整を実施しなくても罰則を受けることはありません。

年末調整を期限内に完了できなかった場合、従業員の所得税が未精算のままであるため、別の手続きで正しい税額を確定させる必要があります。

主な対応として、次の2つの方法があります。

いずれも所得税の過不足を調整するための正式な手続きです。申告手続きに関する情報を案内するとともに、従業員が申告に必要な書類を速やかに入手できるよう適切な対応を心掛けましょう。

年末調整を忘れてしまった場合、軽微な遅れであれば税務署に相談して受理される可能性があります。しかし、大幅に遅れてしまうと、会社は従業員に確定申告を依頼する必要が生じます。

会社の役割で重要なのは、源泉徴収票や控除証明書などの必要書類を漏れなく、速やかに交付することです。

なお、納付すべき税額があるにもかかわらず申告が行われない場合、期限後申告となり延滞税や加算税が課される可能性があります。確定申告に不慣れな従業員には仕組みを丁寧に説明し、手続きをサポートしましょう。

確定申告の期限を過ぎてしまった場合であっても、納め過ぎた税金がある従業員は、還付申告を行うことで精算が可能です。

還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間いつでも申告できます。手続きは通常の確定申告と同じで、源泉徴収票や控除証明書などの書類が必要です。

還付申告の対象となる従業員には、手続きの流れを丁寧に案内し、期限内に申告できるようフォローしましょう。

還付申告について詳しく知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

【関連記事】
還付申告とは？対象となるケースや確定申告・年末調整との違いを解説

出典：国税庁「No.2030 還付申告」

年末調整は、従業員の所得税を精算するための重要な業務ですが、手続きや計算の煩雑さから会社側の負担も少なくありません。

年末調整をスムーズに進めるためのポイントを押さえ、実務に活かすことで、業務全体の効率化を図りましょう。

年末調整を円滑に進めるには、提出期限や内部チェック期間を逆算したスケジュール策定が重要です。

たとえば、申告書の配布や説明を10月下旬に行い、11月中に回収する計画を立てることで、書類の不備や不足があっても余裕をもって修正対応できます。

会社は、担当者が全体進捗を把握できるよう管理体制を整備し、必要に応じてマニュアルやチェックリストを用意することで、業務の漏れや差し戻し作業を削減できます。

年末調整業務を電子化することで、従来の紙ベースで発生していた入力ミスや書類紛失のリスクを抑制できます。

会社は、従業員からの申告書内容をシステム上で自動チェックできるため、確認作業や修正依頼の負担を大幅に軽減可能です。さらに、電子データは保管コストが低く、必要に応じた検索や進捗管理も容易になります。

ただし、電子化しても一部の確認作業や修正対応は依然として必要です。電子化は年末調整業務の効率化に大きく貢献しますが、完全に作業負担をゼロにするわけではない点に留意しましょう。

年末調整業務を効率化したいなら、年末調整ソフト（システム）の導入も検討しましょう。

年末調整ソフトの主なメリットは以下のとおりです。

ソフトの導入により、年末調整の正確性が向上し、業務全体の効率化やコスト削減につながります。法改正への対応や過去データの活用も容易になるため、年末調整を正確かつ迅速に行うための重要なツールとして導入が進んでいます。

年末調整ソフトの導入を考えている方は、下記の記事でおすすめのソフトを比較して、自社に最適なものを見つけてください。

【関連記事】
年末調整ソフトの導入メリットやおすすめシステム10選を紹介

年末調整の代行サービスを活用することも、業務の負担軽減に効果的です。社内リソースをほかの業務に振り分けることが可能なため、業務の効率化や人件費の抑制にもつながります。

ただし、最終的な法的責任は自社にあるため、作業内容のチェックや進捗管理、依頼先のセキュリティ体制の確認などは欠かさないようにしましょう。

年末調整は会社に課された法律上の義務であり、正当な理由なく怠ると罰金や追徴課税、資産差し押さえなどの重大なリスクがあります。従業員への還付や控除が適正に行われないことで、信頼低下にもつながり得るため、スケジュール管理や電子化、専用ソフトの導入などで正確かつ効率的に対応することが重要です。

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気になる方は、是非お試しください。

年末調整を行わないと、会社はさまざまな不利益を被ります。

特に注意すべきリスクは次の4つです。

詳しいリスクや影響については「【会社側のリスク】年末調整をしないとどうなるのか？」をご確認ください。

年末調整はすべての従業員が対象になるわけではありません。以下に当てはまる場合、会社で年末調整を行う必要はありません。

これらの条件に該当する従業員は、自身で確定申告を行わなければならない場合があります。

詳しくは「年末調整の対象とならない人」をご確認ください。