監修 大柴 良史 社会保険労務士・CFP
会社員が年間10万円を少し超える医療費を支払った場合は、医療費控除を受けるべきか判断が難しいことがあります。
医療費控除は、1年間に支払った医療費から保険金などで補てんされる金額を差し引いた額が一定額を超える場合に、所得控除を受けられる制度です。所得税の還付や翌年度の住民税の負担軽減につながる場合があります。
会社員も医療費控除を受けるときは確定申告が必要です。少額の場合は、確定申告の手間に対してどの程度税負担が軽くなるのかを確認したうえで判断する必要があります。
本記事では、10万円ちょっとの医療費で控除を受けるのは意味があるのか、具体的な金額の例を示しながら解説します。
目次
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医療費控除とは
医療費控除は所得控除のひとつで、1年間に支払った医療費から保険金などで補てんされる金額を差し引いた額が10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等 × 5％）を超える場合に、その超えた金額を所得から控除できる制度です。
保険金などで補てんされる金額は、その給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引きます。
医療費控除は年末調整では対応できないため、会社員が医療費控除を受けるには確定申告が必要です。確定申告で医療費控除を適用すると、所得税が還付される場合があります。
医療費控除の対象となるもの・ならないもの
医療費控除では、自分のために支払った医療費だけでなく、生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も対象です。
別居している子どもでも、生計を一にしていれば、その子どものために支払った医療費を合算できます。会社員や個人事業主など、働き方にかかわらず、要件を満たせば医療費控除の対象となります。
ただし、病院で支払った医療費が全て医療費控除の対象になるわけではありません。内容によっては、医療費控除の対象外のものもあります。
医療費控除の対象となる主な費用、対象とならない主な費用をまとめると次のとおりです。
| 種類 | 内容 |
|---|---|
| 医療費控除の対象となる主な費用 | ・医療機関での医師・歯科医師による診療や治療にかかった医療費 ・処方された薬代 ・出産費用や妊娠と診断されてからの定期健診などの費用、通院費 ・入院費 ・治療のためにあん摩マッサージ指圧師、柔道整復師、はり師、きゅう師の施術に支払った費用 ・医療機関で診療を受けるための通院費 ・市販の風邪薬などの購入費用 ・子どもの不正咬合のために必要とされた歯列矯正費 ・患者の年齢や病状から一人での通院が難しい場合の付添人の交通費 ・介護保険制度の一定の施設サービス・居宅サービスを受けた場合の自己負担額 ・病院・診療所・介護老人保健施設・指定介護老人福祉施設などへ収容されるための人的役務の提供の対価 ・保健師・看護師・准看護師または特に依頼した人による療養上の世話の費用 |
| 医療費控除の対象とならない主な費用 | ・人間ドックやその他の健康診断費用（重大な疾病が発見され、引き続きその疾病の治療を行った場合は医療費控除の対象になる） ・予防接種にかかった費用 ・ビタミン剤やサプリメント類の購入費用 ・容姿を美しくするための歯列矯正費用 ・美容整形の費用 ・入院中の子どもの世話のために病院へ通う際の交通費 ・自家用車での通院にかかるガソリン代や駐車場料金 |
セルフメディケーション税制
医療費控除には、特例として「セルフメディケーション税制」の制度が設けられています。通常の医療費控除と、いずれか一方を選択して適用することが可能です。
セルフメディケーション税制は、健康の保持増進および疾病の予防への取り組みを行う人を対象とした制度で、対象となる主な医薬品等は以下のとおりです。
- 一定のスイッチOTC医薬品（要指導医薬品及び一般用医薬品のうち、医療用から転用された医薬品）
- 一定の非スイッチOTC医薬品
その年に一定の健診や予防接種などを受けている場合、1年間の購入額が1万2,000円を超えた分だけ所得控除が受けられます（限度額は8万8,000円）。
現行制度の適用期限は2026年12月31日までですが、2026年度の税制改正により、2027年1月からスイッチOTC医薬品にかかる部分の適用期限は撤廃され、それ以外の対象医薬品にかかる部分は2031年12月31日まで延長されます。
出典：厚生労働省「令和８年度税制改正によるセルフメディケーション税制対象医薬品の届出等について」
医療費控除の計算方法
医療費控除の対象になるのは、支払った医療費全てではなく「一定金額を超えた分」のみとなります。また、医療費控除の対象額の計算式は、年間の総所得金額等が200万円以上か未満かで異なります。
医療費控除額（最高で200万円） = 1年間に支払った医療費 - 保険金などで補てんされる金額 - 10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等 × 5％）
このうち、「保険金などで補てんされる金額」とは、民間の医療保険や共済などから支払われる入院給付金や通院給付金、健康保険から支給される高額療養費などのことです。
また、交通事故の相手方から支払われた医療費を補うための損害賠償金も含まれます。
出産育児一時金も、保険金などで補てんされる金額に該当します。一方、出産手当金は医療費を補てんするものではないため、医療費控除の計算では差し引く必要はありません。
医療費10万円以下でも医療費控除を受けられる場合がある
医療費控除の額は、1年間に支払った医療費から保険金などで補てんされる金額と10万円を差し引いて計算します。ただし、その年の総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく総所得金額等の5％を差し引きます。
たとえば、総所得金額等が150万円の場合、差し引く金額は7万5,000円です。保険金などで補てんされる金額を差し引いた後の医療費が7万5,000円を超えていれば、支払った医療費の合計が10万円以下でも医療費控除を受けられます。
10万円ちょっとの医療費で控除を受けるのは意味ない？
年間10万円を少し超える医療費でも、医療費控除を適用することで税負担が軽減される場合があります。
たとえば、医療費が年間11万円で保険金の受け取りがない場合、医療費控除の金額は11万円 - 10万円 = 1万円です。
医療費控除額が1万円の場合、所得税率10％なら所得税額は1,000円、20％なら2,000円、23％なら2,300円、33％なら3,300円軽減されます。さらに、所得税額の軽減に伴って復興特別所得税も減額の対象です。
また、翌年度の住民税の所得割額も、医療費控除によって軽減される場合があります。所得割の標準税率は合計10％であるため、医療費控除額が1万円の場合、軽減額の目安は1,000円です。
特に以下のようなケースでは、医療費が10万円を少し超えた程度でも、申告の手間が増えにくい、または税負担の軽減額が大きくなる場合があります。
10万円ちょっとの医療費でも医療費控除を検討したいケース
- 医療費控除以外の理由でも確定申告する予定があり、医療費控除もあわせて申告できる
- 自己または生計を一にする家族のために支払った医療費を合算すると、医療費控除額が増える
- 総所得金額等が200万円未満で、医療費から差し引く基準額が10万円より低い
- 適用される所得税率が高く、医療費控除によって軽減される所得税額が比較的大きい
医療費控除による税負担の軽減額は、控除額や適用される所得税率などによって異なります。申告前に軽減額の目安を確認することで、医療費控除を申告するかどうかの判断材料になるでしょう。
10万円ちょっとの医療費で控除を受けるときの注意点
10万円を少し超える医療費で控除を受ける場合は、副業所得の有無やセルフメディケーション税制との選択について確認が必要です。
副業をしている会社員は医療費控除で損をする場合がある
1ヶ所から給与を受け、その給与が源泉徴収の対象となる会社員は、給与所得・退職所得以外の所得金額の合計額が20万円以下であれば、原則として所得税の確定申告は必要ありません。なお、給与収入が2,000万円を超える場合は、確定申告が必要です。
ただし、医療費控除を受けるために確定申告をする場合は、副業所得が20万円以下でも申告しなければなりません。その結果、副業所得を申告することで増える税額が、医療費控除による税負担の軽減額を上回り、還付ではなく納付となることがあります。
副業所得がある会社員は、医療費控除を申告する前に、副業所得も含めた申告後の税額を確認しておく必要があります。
出典：国税庁「No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人」
セルフメディケーション税制のほうが得になる場合もある
セルフメディケーション税制は医療費控除の特例で、通常の医療費控除とは併用できず、どちらか一方を選択します。
適用を受けるには、健康診査や予防接種など、健康の保持増進や疾病の予防に関する取り組みが必要です。控除額は、対象となる医薬品の購入費のうち1万2,000円を超える部分で、上限は8万8,000円となります。
たとえば、総所得金額等が200万円以上で保険金などの補てんがなく、1年間の医療費が11万円の場合、通常の医療費控除額は1万円です。一方、そのうちセルフメディケーション税制の対象医薬品の購入費が5万円だった場合、セルフメディケーション税制の控除額は3万8,000円となり、通常の医療費控除よりも控除額が大きくなります。
医療費が10万円前後の場合は、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の控除額をそれぞれ計算し、比較する必要があります。
医療費控除を利用するのに必要な手続き
出典：国税庁「申告書第一表・第二表【令和７年分用】」
医療費控除を受けるには、個人事業主・給与所得者を問わず、確定申告が必要です。
青色申告者・白色申告者は、通常の確定申告で医療費控除に必要な事項を記入し、医療費控除の明細書を添付します。
医療費控除は年末調整では適用できないため、会社員などの給与所得者も確定申告が必要です。
医療費控除のために必要な書類
医療費控除の確定申告で準備する主な書類は、以下のとおりです。
医療費控除の確定申告で準備する主な書類
- 医療費控除の明細書
- 確定申告書
- 医療費通知（医療費控除の明細書の記載を簡略化する場合に必要）
- 本人確認書類（書面で確定申告書を提出する場合）
医療費控除の明細書は、原則として医療費の領収書などをもとに作成し、確定申告書への添付が必要です。
医療費控除の明細書は税務署で入手するほか、国税庁「医療費控除の明細書【内訳書】」のページからダウンロードできます。
確定申告書も税務署で入手するか、国税庁「確定申告書等の様式・手引き等（令和7年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）」のページからダウンロードできます。
医療費通知は、健康保険組合などの医療保険者から交付される書類です。一定の要件を満たす医療費通知を利用すると、医療費控除の明細書の記載を簡略化できます。
医療費の領収書については、確定申告書への添付は必要ありません。ただし、医療費通知に記載された医療費などを除き、原則として確定申告期限等から5年間の保管が必要です。
出典：国税庁「医療費控除を受ける方へ（令和7年分 確定申告特集）」
医療費控除の明細書の書き方
医療費控除の明細書には、主に以下の3つの事項を記載します。
医療費控除の明細書に記載すること
①医療費通知に関する事項
②医療費（①以外）の明細
③控除額の計算
「医療費通知に関する事項」は、以下の金額を記入します。
医療費通知に関する事項に記入する内容
①自身が負担した医療費の合計額を記入。通知が複数ある場合は全ての合計額
②①のうち、その年に実際に支払った医療費の合計額を記入
③②の医療費のうち、生命保険契約、損害保険契約、健康保険契約などで受け取った保険金や給付金によって補てんされる金額を記入
「医療費（①以外）の明細」は、自分や生計を一にする配偶者・その他の親族のために支払った医療費について、領収書をもとに必要事項を記入する欄です。
「控除額の計算」では、医療費通知に関する事項と医療費の明細に記載した金額をもとに、医療費控除額を計算します。
まとめ
年間の医療費が10万円を少し超える程度でも、医療費控除によって所得税や住民税の負担が軽くなる場合があります。たとえば、医療費が11万円で保険金などの補てんがなく、総所得金額等が200万円以上の場合、医療費控除額は1万円です。
会社員が医療費控除を受けるには、確定申告が必要です。控除によって軽減される税額は、所得税率や医療費の金額などによって異なります。また、副業所得がある場合やセルフメディケーション税制を利用できる場合は、申告による税額も変わる可能性があります。
医療費控除を受けるか迷ったときは、申告後の税額を確認し、自分にとってメリットがあるか判断しましょう。
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よくある質問
医療費控除の対象になるものは？
医療費控除の対象には、診療・治療費、処方薬の購入費、入院費、一定の通院費などがあります。自分だけでなく、生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費も対象です。
医療費控除の対象になるものについて詳しく知りたい方は「医療費控除の対象となるもの・ならないもの」をご覧ください。
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医療費控除はいくらからやったほうがいい？
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詳しくは「10万円ちょっとの医療費で控除を受けるのは意味ない？」をご覧ください。
参考文献
▶︎国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
▶︎厚生労働省「セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）について」
▶︎国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】」
▶︎国税庁「No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」
監修 大柴 良史（おおしば よしふみ） 社会保険労務士・CFP
1980年生まれ、東京都出身。IT大手・ベンチャー人事部での経験を活かし、2021年独立。年間1000件余りの労務コンサルティングを中心に、給与計算、就業規則作成、助成金申請等の通常業務からセミナー、記事監修まで幅広く対応。ITを活用した無駄がない先回りのコミュニケーションと、人事目線でのコーチングが得意。趣味はドライブと温泉。
