勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間や勤務状況をデジタルで記録・集計し、労務管理や給与計算を効率化できるシステムです。

紙やExcelによる管理と比べて作業時間を大幅に削減でき、記録ミスや集計漏れといったミスの防止にもつながります。テレワークやフレックスタイムなど、多様化する働き方にも柔軟に対応できるのが大きな特徴です。

本記事では、おすすめの勤怠管理システムを11種類紹介。さらに、勤怠管理システムのメリット・デメリットや、比較ポイントなどを詳しく解説します。自社に合ったシステム選定に役立てたい方は、ぜひご覧ください。

• 勤怠管理システムとは
• 従来の管理方法との違い
• 勤怠管理システムの種類
• クラウド型（SaaS）が選ばれる理由
• 勤怠管理システムの比較・選定の5つのポイント
• 1. 自社の就業ルール・雇用形態に対応できるか
• 2. 「使いやすい」打刻方法は揃っているか
• 3. 給与計算システムと連携できるか
• 4. サポート体制や法改正への対応は十分か
• 5. 費用対効果（初期費用とランニングコスト）は適正か
• 【2026年最新版】勤怠管理システム11選
• 勤怠管理システムの主な機能
• 打刻・時間記録機能
• シフト管理・スケジュール作成機能
• ワークフロー機能
• リアルタイム自動集計・アラート通知機能
• 法定帳票出力・データ連携機能
• 管理者向けマネジメント・分析機能
• 勤怠管理システム導入のメリット
• 業務効率が向上する
• 打刻エラーや記入漏れ、不正打刻を防げる
• 過重労働の早期発見につながる
• 確実に法改正へ対応できる
• 多様な働き方を実現できる
• 経営判断をスピード化できる
• 勤怠管理システム導入の注意点
• 運用コスト（ランニングコスト）がかかる
• 社内への定着に時間がかかる
• 自社の勤怠ルールに合わない可能性がある
• 勤怠管理をカンタンに行う方法
• まとめ
• よくある質問

勤怠管理システムとは、従業員の出勤・退勤時間、休憩時間、休暇の取得状況といった「勤務実績」を、パソコンやスマートフォン、タブレットなどの端末を使ってリアルタイムに記録・集計・管理するシステムです。

労働時間を正しく見える化することで、企業の労務管理を劇的に効率化する役割を持っています。

近年では、テレワークやフレックスタイム制など働き方が多様化しており、アナログな管理では限界があるため、企業規模を問わず勤怠管理システムの導入がスタンダードになっています。

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従来のタイムカードによる管理では、月末に従業員全員のカードを回収し、手作業で時間を計算してエクセルなどに入力し直す必要がありました。これには膨大な時間と、記入ミスや計算ミスのリスクが伴います。

一方、勤怠管理システムでは、従業員が打刻したデータが瞬時にシステム上で自動集計されます。そのため、集計ミスのリスクを解消するだけでなく、締め日を待たずに「今月、誰がどれくらい残業しているか」をリアルタイムで把握できるようになります。

勤怠管理システムは主に3つの形態がありますが、現在は低コストかつ短期間で導入できる「クラウド型」が主流です。

それぞれの形態の特徴や向いている企業は以下のとおりです。

クラウド型は、インターネット環境さえあれば場所を選ばずに打刻・管理が可能です。また、頻繁に行われる法改正に対しても、ベンダー側でシステムを更新してくれるため、自社でメンテナンスをする必要がない点が最大のメリットといえます。

数あるシステムの中から自社に合ったものを選ぶために、5つの基準で比較検討しましょう。

フレックス制、変形労働時間制、シフト制など、自社の働き方にシステムが対応しているか確認が必要です。また、正社員、パート、アルバイトなど、異なる雇用形態ごとの集計ルール設定ができるかも重要なポイントとなります。

従業員が毎日使うものだからこそ、使いやすさは定着の鍵を握ります。

このように、働く場所に合わせて最適な打刻方法を選べるシステムがおすすめです。

勤怠管理のゴールは、正しく給与を支払うことです。現在利用している（または導入予定の）給与計算ソフトと、CSVやAPIでスムーズにデータ連携できるかを確認しましょう。

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導入時の設定代行や、運用中のチャット・電話サポートが充実しているかを確認します。また、法改正があった際に「いつ・どのように」アップデートされるか、追加費用はかかるかもチェックすべきポイントです。

クラウド型の場合、「1ユーザーあたりの月額料金」が基本です。初期費用は0円〜数十万円、月額費用は1名あたり200〜500円程度が目安となります。

多機能であればよいわけではありません。自社に必要な機能に見合った価格設定かどうかを見極めましょう。

ここでは、勤怠管理システムを11種類紹介します。

勤怠管理システムには、単に出退勤を記録するだけでなく、人事労務業務全般を効率化するための豊富な機能が備わっています。 

出退勤や休憩の開始・終了を記録する、システムのもっとも基本となる機能です。オフィスにある専用PCだけでなく、従業員個人のスマートフォンやタブレット、チャットツールなど、さまざまなデバイスから打刻を行うことができます。

直感的に操作できるデザインが多く、IT操作に不慣れな従業員でも迷わず利用できます。

アルバイトやパート、交代制（シフト制）の勤務体系を採用している企業にとって不可欠な機能です。

従業員から提出された希望シフトをシステム上で収集し、曜日ごとの必要人数や人件費の予算を考慮しながら、視覚的にシフト表を作成できます。確定したシフトは自動的に各従業員の打刻画面やカレンダーに反映されます。

有給休暇の取得申請、残業の事前申請、休日出勤の申請などを、従業員と管理者の間でオンライン完結できる機能です。

従業員がシステム上で申請を送ると、上司の画面に通知が届き、ワンクリックで承認・却下が行えます。これにより、紙の申請書を回覧する手間や、承認漏れによるトラブルを防ぐことができます。

日々の打刻データをもとに、当月の合計労働時間や残業時間をリアルタイムで自動集計する機能です。

あらかじめ設定した残業時間を超えそうになった従業員やその上司に対して、システムが自動でアラート（警告）を通知する機能も備わっています。これにより、過重労働（36協定違反など）を未然に防ぐことが可能になります。

労働基準法で義務付けられている出勤簿や労働者名簿、賃金台帳などの法定帳票を、いつでも簡単に出力できる機能です。

また、集計された勤怠データをCSV形式などのファイルで出力し、既存の給与計算ソフトにそのままインポート（取り込み）できるため、給与計算への引き継ぎが劇的にスムーズになります。

部署ごと、あるいは全社的な労働時間の推移をグラフや表で視覚的に分析できる機能です。特定の部署に残業が偏っていないか、有給休暇の取得率が低い従業員は誰かといった組織の課題を可視化し、適切な人員配置や業務改善の意思決定に役立てることができます。

勤怠管理システムを導入することで、企業はさまざまな面で業務効率を高めることができます。ここでは、主な勤怠管理システムのメリットを紹介します。

最大のメリットは、月末・月初の人事労務担当者の業務負担が激減することです。これまでタイムカードの数値を電卓で叩き、エクセルに転記して、わざわざ集計していた作業がすべてなくなります。

システムが毎日自動で計算してくれるため、担当者は集計結果の最終確認を行うだけで業務が完了します。

手書きの日報や自己申告制では、書き忘れや時間の改ざん（サバ読み）といったミスや不正が起こりやすくなります。

勤怠管理システムであれば、打刻したその瞬間の正確な時間が記録されるため、後からの不正な改ざんを防ぐことができます。また、打刻漏れがある場合はシステムが自動で本人に通知するため、確認の手間も最小限に抑えられます。

エクセル管理の場合、月末に集計するまで「誰がどれくらい残業しているか」が分かりません。しかし、システムを導入すれば、月の途中で残業が多い従業員をリアルタイムに特定できます。

過重労働の兆候がある従業員に対し、上司や労務担当者が事前に「今週は残業を控えて、業務を調整しよう」と声をかけることができるため、健康障害や法令違反を未然に防げます。

労働基準法や36協定などの法令は頻繁に改正されます。クラウド型のシステムであれば、法改正に合わせて自動でアップデートされるため、自社で就業規則や計算式を見直す手間がなくなり、コンプライアンス違反のリスクを回避できます。

テレワークや直行直帰、フレックスタイム制など、場所や時間にとらわれない柔軟な働き方が可能になります。スマホやPCから簡単に打刻・申請ができるため、多様な働き方を導入しても管理が複雑になりません。

リアルタイムで従業員の労働時間や残業状況を可視化できます。「特定の部署に残業が偏っていないか」「有給休暇の取得が進んでいるか」などを即座に把握できるため、人員配置の見直しや労務改善などの経営判断を素早く行えます。

勤怠管理システムには多くのメリットがある一方で、導入にあたってはいくつかの懸念点もあります。

クラウド型であれば初期費用は抑えられますが、毎月「ユーザー数 × 月額料金」のランニングコストが発生します。ただし、アナログ管理にかかっていた人件費（集計作業の時間単価）と比較すれば、コストダウンになるケースが大半です。

従来の慣れ親しんだタイムカードや手書き管理から切り替える際、ITツールに不慣れな従業員から戸惑いの声が上がることがあります。導入初期には操作説明会を開いたり、マニュアルを配布したりするなどのサポート期間を見込んでおく必要があります。

変形労働時間制や独自の休暇ルールなど、特殊な就業規則がある場合、安価なパッケージ型システムでは対応しきれない可能性があります。無料トライアルなどを活用し、自社のルール通りに集計ができるかを必ずテストしましょう。

従業員の打刻情報の収集、勤怠情報の確認、休暇管理に毎日膨大な時間を割いていませんか？

こうした手続きは勤怠管理システム「freee勤怠管理」を使うことで、効率良く行えます。

勤怠打刻はタイムカードやエクセルを利用し従業員に打刻作業を実施してもらったのちにエクセルなどに勤怠情報をまとめ勤怠・休暇管理を行なっていませんか？

勤怠管理システム「freee勤怠管理」では、従業員に行なってもらった勤怠打刻情報を全て自動で収集し勤怠情報の一覧をリアルタイムで作成します。

そこから勤怠情報の確認・修正が行える他に休暇管理も同時に実施することができます。

さらにそこからワンクリックで給与計算・給与明細発行を実施することができるので、労務管理にかける時間を劇的に削減することが可能です。

気になった方は是非勤怠管理システム「勤怠管理」をお試しください。

勤怠管理システムの導入は、単なる勤怠打刻の自動化だけでなく、給与計算や労務管理などの周辺業務も効率化できる便利なツールです。従業員数、業種、運用フローに応じて最適なシステムを選定することで、法令遵守体制の強化や人的ミスの削減にも寄与します。

一方で、導入に際しては初期投資や運用コスト、カスタマイズ性、セキュリティレベルなど、検討すべき要素は多岐にわたります。将来的な組織拡大や法改正への対応も見据えながら、持続的な運用が可能なシステムを選択することが、勤怠管理の高度化と労務リスクの最小化につながります。

インターネット環境があれば場所を選ばずに利用でき、法改正時も自動でアップデートされるため、保守の手間がかかりません。また、初期費用が比較的安く、短期間で導入できる点も大きな特徴です。

詳しくは、記事内の「勤怠管理システムの種類」で解説しています。

勤怠管理システムは、以下5つのポイントを確認して選ぶことが重要です。

• 必要な機能がそろっているか
• 自社の既存システムと連携できるか
• サポート体制はあるか
• 労働関連の法令改正に対応しているか
• 導入や運用にかかる費用は適正か

その他にも、自社でとくに効率化したい業務がある場合は、対応する機能が搭載されているかを合わせて確認するようにしてください。

詳しくは記事内「勤怠管理システムの比較・選定の5つのポイント」をご覧ください。

勤怠管理システムは、従業員向けと管理者向けの機能があります。主な機能は、以下のとおりです。

• 打刻機能
• ワークフロー申請
• 帳票出力機能
• スケジュール・シフト管理機能

詳しくは、記事内「勤怠管理システムの主な機能」をご覧ください。