勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間や勤務状況をデジタルで記録・集計し、労務管理や給与計算を効率化できるシステムです。

紙やExcelによる管理と比べて作業時間を大幅に削減でき、記録ミスや集計漏れといったミスの防止にもつながります。テレワークやフレックスタイムなど、多様化する働き方にも柔軟に対応できるのが大きな特徴です。

本記事では、おすすめの勤怠管理システムを11種類紹介。さらに、勤怠管理システムのメリット・デメリットや、比較ポイントなどを詳しく解説します。自社に合ったシステム選定に役立てたい方は、ぜひご覧ください。

• 勤怠管理システムとは
• 勤怠管理システムの種類
• クラウド型（SaaS）が選ばれる理由
• 勤怠管理システムの比較・選定の5つのポイント
• 1. 自社の就業ルール・雇用形態に対応できるか
• 2. 「使いやすい」打刻方法は揃っているか
• 3. 給与計算システムと連携できるか
• 4. サポート体制や法改正への対応は十分か
• 5. 費用対効果（初期費用とランニングコスト）は適正か
• 【2026年最新版】おすすめの勤怠管理システム11選
• 勤怠管理システムの主な機能
• 従業員向けの機能
• 管理者向けの機能
• 勤怠管理システム導入のメリット
• 業務効率が劇的に向上する
• 確実に法改正へ対応できる
• 多様な働き方を実現できる
• 経営判断をスピード化できる
• 勤怠管理システム導入の注意点
• 運用コスト（ランニングコスト）がかかる
• 社内への定着に時間がかかる
• 自社の勤怠ルールに合わない可能性がある
• 勤怠管理をカンタンに行う方法
• まとめ
• よくある質問

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時刻を打刻・記録し、労働時間や残業時間、休暇取得状況などを自動集計するシステムのことです。従来の手書きタイムカードやExcel管理と比較して、以下の点が大きく異なります。

近年では、テレワークやフレックスタイム制など働き方が多様化しており、アナログな管理では限界があるため、企業規模を問わず勤怠管理システムの導入がスタンダードになっています。

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勤怠管理システムは主に3つの形態がありますが、現在は低コストかつ短期間で導入できる「クラウド型」が主流です。

それぞれの形態の特徴や向いている企業は以下のとおりです。

クラウド型は、インターネット環境さえあれば場所を選ばずに打刻・管理が可能です。また、頻繁に行われる法改正に対しても、ベンダー側でシステムを更新してくれるため、自社でメンテナンスをする必要がない点が最大のメリットといえます。

数あるシステムの中から自社に合ったものを選ぶために、5つの基準で比較検討しましょう。

フレックス制、変形労働時間制、シフト制など、自社の働き方にシステムが対応しているか確認が必要です。また、正社員、パート、アルバイトなど、異なる雇用形態ごとの集計ルール設定ができるかも重要なポイントとなります。

従業員が毎日使うものだからこそ、使いやすさは定着の鍵を握ります。

このように、働く場所に合わせて最適な打刻方法を選べるシステムがおすすめです。

勤怠管理のゴールは、正しく給与を支払うことです。現在利用している（または導入予定の）給与計算ソフトと、CSVやAPIでスムーズにデータ連携できるかを確認しましょう。

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導入時の設定代行や、運用中のチャット・電話サポートが充実しているかを確認します。また、法改正があった際に「いつ・どのように」アップデートされるか、追加費用はかかるかもチェックすべきポイントです。

クラウド型の場合、「1ユーザーあたりの月額料金」が基本です。初期費用は0円〜数十万円、月額費用は1名あたり200〜500円程度が目安となります。

多機能であればよいわけではありません。自社に必要な機能に見合った価格設定かどうかを見極めましょう。

ここでは、実績豊富なおすすめの勤怠管理システムを11種類紹介します。

システムには「従業員用」と「管理者用」の2つの側面があります。

従業員にとって、勤怠管理システムは日々の打刻や休暇申請などの操作をスムーズに行えるツールです。主な機能としては、打刻機能、ワークフロー機能、残業超過通知機能などがあり、自身の勤務状況をリアルタイムで把握・管理できます。

出勤・退勤の打刻は、勤怠管理システムの基本機能です。打刻方法はシステムによって異なり、PC・スマートフォン・タブレットでの打刻のほか、ICカードや生体認証に対応しているものもあります。

ICカードやスマートフォンを使った打刻は利便性が高く、スムーズな勤怠記録が可能です。一方、生体認証は「なりすまし」を防止できるため、不正打刻対策としても有効といえます。

ワークフロー機能は、休暇の申請・承認や勤怠の修正申請などをシステム上で完結できる機能です。紙の申請書が不要になるため、業務効率が大幅に向上します。

また、テレワークや出張先からでもリアルタイムで申請・承認ができるため、柔軟な働き方を支援する役割も果たします。

アラート通知機能では、あらかじめ設定した残業時間の上限に達しそうな場合、従業員や管理者に自動通知が届きます。これにより、36協定など法令に基づいた残業管理がしやすくなり、法令違反のリスクを未然に防ぐことが可能です。

管理者は勤怠情報を集約・分析し、労働状況を全体的に把握する必要があります。勤怠管理システムには、勤怠情報の集計機能や帳票出力機能、シフト管理機能などが搭載されており、運用の負担軽減や労務リスクの可視化に役立ちます。

勤怠情報のリアルタイム集計機能は、勤務日数や勤務時間、残業時間、休暇取得状況などを自動で集計し、一覧表示できます。締め日を待たずに現在の労働時間を可視化でき、従業員の休暇取得状況・残業時間などが簡単にわかります。「特定の従業員に負荷がかかっていないか」などのバランスを視覚的に確認しやすくなり、健全な労務管理を実現できます。

帳票出力機能を備えているシステムでは、従業員の勤怠データをCSVやPDFなどの形式で簡単に出力できます。給与計算ソフトとの連携や労基署への提出資料作成にも活用でき、手作業によるミスや手間の削減につながります。

スケジュール・シフト管理機能では、システム上でシフトを作成・調整できます。予定シフトと実際の勤務実績を比較できる機能もあるため、計画と実績のギャップを把握しやすくなります。

勤怠管理システムを導入することで、企業はさまざまな面で業務効率を高めることができます。ここでは、主な勤怠管理システムのメリットを4つ紹介します。

これまで紙のタイムカード回収やExcelへの転記作業にかかっていた時間を「ゼロ」にできます。集計も自動で行われるため、締め日における経理・労務担当者の残業時間を大幅に削減可能です。

労働基準法や36協定などの法令は頻繁に改正されます。クラウド型のシステムであれば、法改正に合わせて自動でアップデートされるため、自社で就業規則や計算式を見直す手間がなくなり、コンプライアンス違反のリスクを回避できます。

テレワークや直行直帰、フレックスタイム制など、場所や時間にとらわれない柔軟な働き方が可能になります。スマホやPCから簡単に打刻・申請ができるため、多様な働き方を導入しても管理が複雑になりません。

リアルタイムで従業員の労働時間や残業状況を可視化できます。「特定の部署に残業が偏っていないか」「有給休暇の取得が進んでいるか」などを即座に把握できるため、人員配置の見直しや労務改善などの経営判断を素早く行えます。

勤怠管理システムには多くのメリットがある一方で、導入にあたってはいくつかの懸念点もあります。

クラウド型であれば初期費用は抑えられますが、毎月「ユーザー数 × 月額料金」のランニングコストが発生します。ただし、アナログ管理にかかっていた人件費（集計作業の時間単価）と比較すれば、コストダウンになるケースが大半です。

従来の慣れ親しんだタイムカードや手書き管理から切り替える際、ITツールに不慣れな従業員から戸惑いの声が上がることがあります。導入初期には操作説明会を開いたり、マニュアルを配布したりするなどのサポート期間を見込んでおく必要があります。

変形労働時間制や独自の休暇ルールなど、特殊な就業規則がある場合、安価なパッケージ型システムでは対応しきれない可能性があります。無料トライアルなどを活用し、自社のルール通りに集計ができるかを必ずテストしましょう。

従業員の打刻情報の収集、勤怠情報の確認、休暇管理に毎日膨大な時間を割いていませんか？

こうした手続きは勤怠管理システム「freee勤怠管理」を使うことで、効率良く行えます。

勤怠打刻はタイムカードやエクセルを利用し従業員に打刻作業を実施してもらったのちにエクセルなどに勤怠情報をまとめ勤怠・休暇管理を行なっていませんか？

勤怠管理システム「freee勤怠管理」では、従業員に行なってもらった勤怠打刻情報を全て自動で収集し勤怠情報の一覧をリアルタイムで作成します。

そこから勤怠情報の確認・修正が行える他に休暇管理も同時に実施することができます。

さらにそこからワンクリックで給与計算・給与明細発行を実施することができるので、労務管理にかける時間を劇的に削減することが可能です。

気になった方は是非勤怠管理システム「勤怠管理」をお試しください。

勤怠管理システムの導入は、単なる勤怠打刻の自動化だけでなく、給与計算や労務管理などの周辺業務も効率化できる便利なツールです。従業員数、業種、運用フローに応じて最適なシステムを選定することで、法令遵守体制の強化や人的ミスの削減にも寄与します。

一方で、導入に際しては初期投資や運用コスト、カスタマイズ性、セキュリティレベルなど、検討すべき要素は多岐にわたります。将来的な組織拡大や法改正への対応も見据えながら、持続的な運用が可能なシステムを選択することが、勤怠管理の高度化と労務リスクの最小化につながります。

インターネット環境があれば場所を選ばずに利用でき、法改正時も自動でアップデートされるため、保守の手間がかかりません。また、初期費用が比較的安く、短期間で導入できる点も大きな特徴です。

詳しくは、記事内の「勤怠管理システムの種類」で解説しています。

勤怠管理システムは、以下5つのポイントを確認して選ぶことが重要です。

• 必要な機能がそろっているか
• 自社の既存システムと連携できるか
• サポート体制はあるか
• 労働関連の法令改正に対応しているか
• 導入や運用にかかる費用は適正か

その他にも、自社でとくに効率化したい業務がある場合は、対応する機能が搭載されているかを合わせて確認するようにしてください。

詳しくは記事内「勤怠管理システムの比較・選定の5つのポイント」をご覧ください。

勤怠管理システムは、従業員向けと管理者向けの機能があります。主な機能は、以下のとおりです。

• 打刻機能
• ワークフロー申請
• 帳票出力機能
• スケジュール・シフト管理機能

詳しくは、記事内「勤怠管理システムの主な機能」をご覧ください。