勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間や勤務状況をデジタルで記録・集計し、労務管理や給与計算を効率化できるシステムです。

紙やExcelによる管理と比べて作業時間を大幅に削減でき、記録ミスや集計漏れといったミスの防止にもつながります。テレワークやフレックスタイムなど、多様化する働き方にも柔軟に対応できるのが大きな特徴です。

本記事では、おすすめの勤怠管理システムを11種類紹介。さらに、勤怠管理システムのメリット・デメリットや、比較ポイントなどを詳しく解説します。自社に合ったシステム選定に役立てたい方は、ぜひご覧ください。

• 勤怠管理システムとは
• 勤怠管理システムの種類
• タイムレコーダー型
• オンプレミス型
• クラウド型
• 勤怠管理システムの主な機能
• 従業員向けの機能
• 管理者向けの機能
• 【2025年最新版】おすすめの勤怠管理システム11選
• 勤怠管理システムの比較ポイント
• 必要な機能がそろっているか
• 既存システムと連携できるか
• サポート体制はあるか
• 法令への対応は十分か
• 導入・運用費用は適正か
• 勤怠管理システム導入のメリット
• 多様化する働き方に対応できる
• 正確な勤怠管理ができる
• 法改正に対応できる
• 勤怠状況をリアルタイムに把握できる
• 勤怠管理システム導入の注意点
• 導入コストがかかる
• 慣れるまで時間がかかる
• 勤怠ルールに合わない可能性がある
• 勤怠管理をカンタンに行う方法
• まとめ
• よくある質問

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間を自動集計し、労働時間の管理や給与計算を効率化するためのツールです。紙のタイムカードや手作業による管理と比較すると、作業時間を大幅に短縮でき、正確かつ客観的な勤怠管理が実現できます。

また、勤怠情報を正確かつ客観的に把握できるため、残業時間の上限管理や有給休暇の取得状況など、法令遵守の観点からも勤怠管理システムが注目されています。

近年では、テレワークやフレックスタイム制度の普及により、働き方が多様化していることから、勤怠管理システムの導入は企業規模を問わず広がっています。

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勤怠管理システムには主に3つの形態があり、それぞれ導入方法や特徴が異なります。以下で、タイムレコーダー型、オンプレミス型、クラウド型の3つの勤怠管理システムを紹介します。

タイムレコーダー型は、従業員が出勤・退勤・休憩時に専用機器を使って打刻を行うシステムです。記録された打刻データをもとに、自動で労働時間や残業時間を集計できる機能を備えたものもあります。

主な打刻方法は以下のとおりです。

タイムレコーダー型は比較的安価に導入できる点が魅力で、小規模事業所などでは導入ハードルが低いのがメリットです。一方で、給与計算システムとの連携が難しく、多拠点運用には不向きなケースもあるため、導入前の確認が欠かせません。

オンプレミス型は、自社サーバーに勤怠管理システムをインストールして運用するタイプです。ネット環境に依存せずオフラインでも利用できるため、高度なセキュリティ体制を求める企業に適しています。

オンプレミス型の打刻方法には、以下が挙げられます。

オンプレミス型は、企業独自の勤怠ルールに合わせてシステムを柔軟にカスタマイズでき、大規模な組織でも安定運用ができます。ただし、導入時の構築費用や保守・運用にかかるランニングコストは高めであり、十分な予算と管理体制が必要です。

クラウド型は、インターネット経由で導入できる勤怠管理システムで、月額または年額で契約して利用します。サーバー構築が不要で、初期費用を抑えてすぐに導入できるのが大きなメリットです。

また、出退勤打刻や勤務時間集計、有給休暇管理などの機能が搭載されているものが多く、インターネットが利用できる環境であればどこからでもアクセスできます。これにより、リアルタイムでの勤務状況把握や、申請・承認プロセスの効率化、働き方改革の推進など業務効率化につなげることが可能です。

ただし、インターネット接続が前提となるため、オフライン環境では利用できない点や、クラウドのセキュリティ面におけるリスクなどの注意点もあります。

勤怠管理システムには、従業員向けと管理者向けの機能が含まれています。それぞれの機能について具体的に解説します。

従業員にとって、勤怠管理システムは日々の打刻や休暇申請などの操作をスムーズに行えるツールです。主な機能としては、打刻機能、ワークフロー機能、残業超過通知機能などがあり、自身の勤務状況をリアルタイムで把握・管理できます。

出勤・退勤の打刻は、勤怠管理システムの基本機能です。打刻方法はシステムによって異なり、PC・スマートフォン・タブレットでの打刻のほか、ICカードや生体認証に対応しているものもあります。

ICカードやスマートフォンを使った打刻は利便性が高く、スムーズな勤怠記録が可能です。一方、生体認証は「なりすまし」を防止できるため、不正打刻対策としても有効といえます。

ワークフロー機能は、休暇の申請・承認や勤怠の修正申請などをシステム上で完結できる機能です。紙の申請書が不要になるため、業務効率が大幅に向上します。

また、テレワークや出張先からでもリアルタイムで申請・承認ができるため、柔軟な働き方を支援する役割も果たします。

残業超過通知機能では、あらかじめ設定した残業時間の上限に達しそうな場合、従業員や管理者に自動通知が届きます。これにより、36協定など法令に基づいた残業管理がしやすくなり、法令違反のリスクを未然に防ぐことが可能です。

管理者は勤怠情報を集約・分析し、労働状況を全体的に把握する必要があります。勤怠管理システムには、勤怠情報の集計機能や帳票出力機能、シフト管理機能などが搭載されており、運用の負担軽減や労務リスクの可視化に役立ちます。

勤怠情報の集計機能では、勤務日数や勤務時間、残業時間、休暇取得状況などを自動で集計し、一覧表示できます。従業員の休暇取得状況・残業時間などがわかるため、「特定の従業員に負荷がかかっていないか」などのバランスを視覚的に確認しやすくなり、健全な労務管理を実現できます。

帳票出力機能を備えているシステムでは、従業員の勤怠データをCSVやPDFなどの形式で簡単に出力できます。給与計算ソフトとの連携や労基署への提出資料作成にも活用でき、手作業によるミスや手間の削減につながります。

スケジュール・シフト管理機能では、システム上でシフトを作成・調整できます。予定シフトと実際の勤務実績を比較できる機能もあるため、計画と実績のギャップを把握しやすくなります。

勤怠管理システムにはさまざまな種類や機能があり、選定にあたっては自社の働き方や規模に合ったサービスを見極めることが欠かせません。業務効率化や法令対応を実現するうえでも、機能性やサポート体制は重要なポイントとなります。

ここでは、2025年時点で提供されている勤怠管理システムを11種類紹介します。

勤怠管理システムを選定する際には、複数の視点から自社に合ったものを見極めることが重要です。ここでは、導入前にチェックしておきたい5つの比較ポイントを紹介します。

勤怠管理システムの機能やサービス内容は、提供企業ごとに異なります。なかでも以下の4点は、とくに重視すべき基本機能です。

これらのうち、とくに自社で自動化・効率化したい業務機能が搭載されているかを確認しましょう。

また、自社に不可欠な機能やあれば便利な機能などをあらかじめ整理しておくことで、選定がスムーズになります。

勤怠管理システムは、既存システムとの連携によって、さらに業務効率化を図ることができます。

たとえば、勤怠データを給与ソフトへ自動連携できるシステムであれば、手作業での入力ミスを防げるだけでなく、業務の大幅な効率化にもつながります。

既存システムとの連携が可能なサービスを選ぶことで、導入効果をより高められるでしょう。

初めて勤怠管理システムを導入する企業にとっては、導入時の設定や運用中のトラブル対応など、サポート体制の充実度が非常に重要です。

導入前の相談対応はもちろん、導入後に社内からの問い合わせがあった際にも、迅速にフォローしてくれる体制が整っていれば、担当者の負担を軽減できます。トラブル発生時の対応スピードや、FAQ・マニュアルの有無も確認しておくと安心です。

労働基準法や36協定など、労働時間の管理には法令遵守が求められます。また、法改正は頻繁に行われるため、常に最新の制度に対応できるシステムかどうかも重要です。

自動アップデート機能や、法改正時のサポート体制が整っているかを確認し、安心して長期運用できるサービスを選びましょう。

勤怠管理システムには、従量課金制や月額制、ID制など、さまざまな料金体系があります。導入の際は、初期費用の有無や従業員数の増加による費用変動などを考慮し、自社にとって無理のないコストで運用できるかを検討しましょう。

導入時のコストだけでなく、継続的な利用にかかるランニングコストやサポート費用など、総合的な費用対効果を比較することが大切です。

勤怠管理システムを導入することで、企業はさまざまな面で業務効率を高めることができます。ここでは、主な勤怠管理システムのメリットを4つ紹介します。

近年、テレワークやフレックスタイム制度など、働き方が多様化しています。そうした背景のなかでは、勤務時間や場所がバラバラになると、従来の方法では正確な勤怠管理が難しくなります。

SaaS型の勤怠管理システムを活用すれば、従業員がどこからでも打刻でき、リアルタイムで勤務状況を把握しやすくなります。人事や労務管理の作業を行う方にとっては、大きな業務の効率化が見込めます。

オフィスに出勤しなくても、出張先や自宅からの打刻・確認ができるため、リモートワークや外出の多い職種でもスムーズな勤怠管理が実現します。

紙や手作業による勤怠管理では、記録漏れや記入ミスが起こるリスクが避けられません。時間のズレや記入忘れ、不正打刻といった課題も発生しやすくなります。

その点、勤怠管理システムはすべての打刻情報を自動で記録し、正確なデータとして蓄積できます。人為的なミスを防ぎつつ、透明性の高い管理体制を構築できるため、企業全体の労務リスクを軽減できます。

労働時間や残業規制に関する法令は、頻繁に見直しや改正が行われています。手動で対応しようとすると、都度マニュアルの更新や運用フローの見直しが必要になり、負担が大きくなります。

SaaS型の勤怠管理システムであれば、法改正に伴う変更が自動的にシステムに反映されるため、常に最新の法令に準拠した運用が可能になります。ただし、一部のシステムではアップデートに追加料金がかかることもあるため、事前にサービス内容を確認しておくことが重要です。

従来の勤怠管理では、記入された情報を集計するまで、従業員の出勤状況や残業時間を正確に把握するのが困難でした。

一方で、勤怠管理システムを導入すれば、打刻データがそのままリアルタイムで反映され、管理者はすぐに勤務状況を確認できます。遅刻や早退、残業の偏りなども把握できるため、労務リスクの早期発見にもつながります。

勤怠管理システムには多くのメリットがある一方で、導入にあたってはいくつかの懸念点もあります。ここでは、導入前に把握しておくべき3つの注意点を解説します。

勤怠管理システムを導入するには、ある程度の初期費用や運用コストが発生します。タイムレコーダー型、オンプレミス型、クラウド型の導入形態によって価格帯は異なるため、事前に確認しておくことが大切です。

たとえば、タイムレコーダー型のシステムであれば初期費用は最大でも15万円程度で済むケースがありますが、オンプレミス型では100万円以上かかる場合もあります。

一方で、クラウド型は初期費用を抑えつつ月額課金で利用できるため、近年では導入しやすい選択肢として注目されています。

これらの勤怠管理システムの種類によって必要費用は大きく異なるので、自社の予算にあわせてシステムを選ぶことが重要です。

新しいシステムを導入すれば、業務の効率化が期待できる反面、利用方法に慣れるまで一定の時間が必要になります。

とくに、これまで紙やExcelなどアナログな方法で勤怠を管理していた企業では、従業員や管理者への操作説明や研修が欠かせません。

スムーズな移行のためには、導入前に操作マニュアルを用意したり、ベンダーのサポートを活用したりするなどの準備が重要です。

企業によっては独自の勤怠ルールを運用しているケースもあり、勤怠管理システムが対応できないケースも考えられます。

たとえば、急なシフト変更が頻繁に発生する職場や、変形労働時間制を採用している現場では、システムがルールに対応しきれず、かえって管理の手間が増えることもあります。

そのため、導入前に勤怠管理システムが職場の勤怠ルールに対応できるかどうかを確認しておくことが重要です。

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勤怠管理システムの導入は、単なる勤怠打刻の自動化だけでなく、給与計算や労務管理などの周辺業務も効率化できる便利なツールです。従業員数、業種、運用フローに応じて最適なシステムを選定することで、法令遵守体制の強化や人的ミスの削減にも寄与します。

一方で、導入に際しては初期投資や運用コスト、カスタマイズ性、セキュリティレベルなど、検討すべき要素は多岐にわたります。将来的な組織拡大や法改正への対応も見据えながら、持続的な運用が可能なシステムを選択することが、勤怠管理の高度化と労務リスクの最小化につながります。

勤怠管理システムは、以下5つのポイントを確認して選ぶことが重要です。

その他にも、自社でとくに効率化したい業務がある場合は、対応する機能が搭載されているかを合わせて確認するようにしてください。

詳しくは記事内「勤怠管理システムの比較ポイント」をご覧ください。

勤怠管理システムは、従業員向けと管理者向けの機能があります。主な機能は、以下のとおりです。

詳しくは記事内「勤怠管理システムの主な機能」をご覧ください。