マイナポータル連携で医療費控除を申告するやり方とは？申告時の注意点も解説
医療費控除 
目次
医療費控除の確定申告は
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医療費控除の確定申告では、マイナポータルの「マイナポータル連携」を利用すると、医療費通知情報を取得して申告書へ自動入力できます。医療費を一件ずつ入力する手間を減らせるため、申告作業の効率化が可能です。
ただし、自費診療など自動入力の対象外となる医療費は、自分で内容を追加・修正しなければなりません。申告前に、自動入力される情報の範囲や不足している医療費がないかを確認する必要があります。
本記事では、医療費控除の概要をはじめ、マイナポータル連携を使った申告手順や利用時の注意点を解説します。
医療費控除とは
医療費控除は所得控除のひとつで、1年間に支払った医療費から保険金などで補てんされる金額を差し引いた額が一定額を超える場合に適用できる制度です。
差し引く一定額は原則10万円で、総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5％となります。医療費控除額の上限は200万円です。
自己または自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も、一定の要件を満たせば控除の対象となります。
医療費控除の対象期間は、その年の1月1日から12月31日までです。医療費控除を適用すると所得税額が軽減され、すでに所得税を納めすぎている場合は還付を受けられることがあります。普段は年末調整のみの会社員も、医療費控除を受ける場合は確定申告が必要です。
出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
医療費控除の要件
控除の対象となる医療費は、以下のとおりです。
医療費控除の要件
- 納税者が、自分または自分と生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費であること
- その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費であること（未払いの医療費は、実際に支払った年の医療費控除の対象になる）
医療費控除で控除される金額
医療費控除の上限は200万円です。実際に控除される金額は、以下の式を使って計算できます。
医療費控除額の計算式
「実際に支払った医療費の合計額」 - 「保険金などで補てんされる金額※1」- 10万円※2
※1：保険金などで補てんされる金額は、給付目的となった医療費の金額を限度として差し引かれるため、引ききれない金額が生じてもほかの医療費からは差し引かれない
※2：総所得金額等が200万円未満の場合は、総所得金額等の5％にあたる金額
出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
マイナポータル連携で医療費控除の申告負担を軽減できる
マイナポータルとは、マイナンバーカードを使ってさまざまな行政サービスを利用できるオンラインサービスのことです。マイナポータルでは行政手続きの申請や自分に関する情報の確認などができるほか、申告書の作成に役立つ「マイナポータル連携」の機能も利用できます。
マイナポータル連携は、e-Taxで確定申告をする際にマイナポータルを介して医療費や源泉徴収票などのデータをオンラインで一括取得し、申告書の該当項目に自動入力できる機能です。
この機能を活用すると、1年分の医療費通知情報（保険医療機関や保険薬局の窓口で支払った医療費の情報）が申告書の該当項目に自動入力されるため、申告書作成の負担を軽減できます。
出典：国税庁「マイナポータル連携特設ページ（マイナンバーカードを活用した給与所得の源泉徴収票や、控除証明書等のデータの自動入力）」
また、マイナポータルでは、医療費通知情報を確認することも可能です。医療費通知情報は、医療機関などを受診した月の翌々月11日（2月のみ9日）に更新されます。
出典：マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」
マイナポータル連携で医療費控除を申告するやり方
マイナポータル連携の自動入力機能を利用して医療費控除の申告をする手順は以下のとおりです。
①マイナンバーカードを取得する
②マイナポータルで利用者登録を行う
③マイナポータル連携の事前準備を行う
④確定申告書等作成コーナー（オンライン）で申告書を作成する
①マイナンバーカードを取得する
マイナポータル連携の機能を利用して医療費控除の手続きをするには、まずマイナンバーカードの取得が必要です。マイナンバーカードをもっていない人は、初めにカードの交付申請を行います。
◆マイナンバーカードの申請
通常の申請方法は、郵送・オンライン・まちなかの証明写真機の3種類です。
横にスクロール
| 項目 | 申請方法 |
|---|---|
| 郵送 | 個人番号カード交付申請書に各種項目を記入し、顔写真を貼り付けて投函する |
| オンライン | 専用サイトにアクセスしてメールアドレスを登録し、続けて顔写真と申請に必要な各種情報を入力する |
| まちなかの証明写真機 | タッチパネルから「個人番号カード申請」を選び、お金を入れ、交付申請書に記載されたQRコードをバーコードリーダーにかざしてから顔写真を撮影・送信する |
出典：マイナンバーカード総合サイト「申請・受取方法／申請状況確認」
◆交付通知書の受け取り
申請後、審査を経て概ね1ヶ月ほどでマイナンバーカードが発行され、市区町村に送付されます。市区町村で交付準備が完了すると、個人番号カード交付通知書が届く仕組みです。
なお、カードを受け取る前に申請を行った市区町村外に引越した場合は、新居のある市区町村で再申請する必要があります。
◆マイナンバーカードの受け取り
交付通知書が手元に届いたら、市区町村の窓口でカードを受け取るために、以下のものが必要です。
- 交付通知書（はがき）
- 通知カード（持っている人のみ）
- 本人確認書類
最後に窓口で本人確認を行い、暗証番号を設定したらカードが交付されます。
②マイナポータルで利用者登録を行う
マイナポータル連携を利用するには、マイナポータルの利用者登録が必要です。利用者登録とは、マイナポータルを利用できるようにするための最初の操作を指します。具体的な手順は以下のとおりです。
マイナポータルで利用者登録を行う手順
- アプリやブラウザからマイナポータルにアクセスし、「登録・ログイン」を選択する
- マイナンバーカードを受け取った際に設定した数字4桁のパスワードを入力する
- マイナンバーカードを読み取る
- 「登録をはじめる」のボタンを押し、案内に沿って手続きを進める
出典：マイナポータル「03 Androidのブラウザを使ってログイン・利用者登録する」
③マイナポータル連携の事前準備を行う
マイナポータル連携を利用するには、事前準備が必要です。マイナポータルの「確定申告の事前準備」ページから、画面の案内に沿って設定を進めます。
マイナポータル連携の事前準備
- 「確定申告の事前準備」ページで、取得したい証明書等を選択する
- 取得する情報の「取得」を選択する
- 画面の案内に沿って必要な設定を進める
④確定申告書等作成コーナー（オンライン）で申告書を作成する
医療費控除の申告に必要な申告書を「確定申告書等作成コーナー」で作成します。
確定申告書等作成コーナーでは、画面の案内に沿って入力を進めます。マイナポータル連携を「利用する」と選択すると、取得した医療費通知情報を申告書の該当項目に自動入力することが可能です。
なお、マイナポータル連携で取得した医療費通知情報を利用してe-Taxで申告する場合、その情報に含まれる医療費の領収書を保存する必要はありません。
マイナポータル連携を利用できない場合の対処法
マイナポータル連携では、ブラウザの設定などが原因でエラーが発生することがあります。主な原因は以下の3つです。
マイナポータル連携を利用できない主な原因
- デフォルトのブラウザがSafariまたはChromeに設定されていない
- Safariの「プライベートブラウズモード」またはChromeの「シークレットモード」がオンになっている
- Chromeのタブが大量に立ち上がっている
上記のいずれかに該当する場合はブラウザの設定を変更する、またはタブを閉じて対処しましょう。また、ブラウザを再起動するとエラーが解消する場合もあります。
対処してもエラーが続く場合は、マイナポータルのお問い合わせフォームから相談することもご検討ください。
マイナポータル連携で医療費控除を申告する際の注意点
マイナポータル連携は医療費控除の申告に便利な機能ですが、利用する際に確認しておきたい点があります。主なポイントは以下の4つです。
マイナポータル連携で医療費控除を申告する際の注意点
- 保険適用外の医療費や一部の保険診療などは反映されない
- 1年分のデータが反映されるのは原則2月9日
- 領収書の保存が必要なケースがある
- 家族分の医療費通知情報の取得には代理人設定が必要
医療費通知情報に反映されない医療費がある
マイナポータル連携では、原則として保険診療分の医療費に関する情報を取得できます。そのため、自費診療の支払いや通院費など、保険診療分以外の医療費は医療費通知情報に含まれません。
なお、保険診療分でもはり・きゅう、柔道整復療養費など、一部取得できない情報があります。医療費控除の対象となる医療費で、医療費通知情報に含まれていないものがある場合は、確定申告書等作成コーナーで追加入力が必要です。
出典：国税庁「マイナポータルから取得した情報以外に医療費の内容を追加入力する場合について」
1年分のデータが反映されるのは原則2月9日
確定申告に利用する1年分の医療費通知情報は、例年、原則として翌年2月9日から一括で取得できます。
所得税の確定申告期間は、原則として翌年2月16日から3月15日までです。還付申告は確定申告期間前でも可能ですが、1年分の医療費通知情報を利用して自動入力する場合は、原則として2月9日以降に取得する必要があります。
領収書の保存が必要なケースがある
マイナポータル連携で取得した医療費通知情報をe-Taxで送信する場合、その情報に含まれる医療費の領収書を保存する必要はありません。
一方、医療費通知情報に含まれず、領収書に基づいて医療費控除の明細書へ記載した医療費については、領収書を確定申告期限等から5年間保存する必要があります。
家族分の医療費通知情報の取得には代理人設定が必要
医療費控除では、自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費もまとめて申告できます。ただし、マイナポータル連携で家族分の医療費通知情報を取得する場合は、事前に代理人設定が必要です。
代理人設定を行う際は、申告する人と家族それぞれのマイナンバーカードを使用します。
まとめ
マイナポータル連携を利用すると、医療費通知情報を確定申告書に自動入力できるため、医療費控除の申告にかかる入力の手間を軽減できます。一方、自費診療や通院費など、医療費通知情報に含まれない医療費がある場合は、確定申告書等作成コーナーで追加入力が必要です。
また、利用にあたっては、マイナンバーカードの取得やマイナポータルの利用者登録、マイナポータル連携の事前準備を行います。申告前に必要な準備が整っているか、医療費通知情報に不足がないかを確認したうえで、手続きを進めましょう。
参考文献
▶国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
▶マイナポータル「医療費通知情報の更新日について教えてください。」
▶マイナンバーカード総合サイト「申請・受取方法／申請状況確認」
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よくある質問
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マイナポータル連携で医療費控除をするやり方は？
マイナポータル連携の機能を利用して医療費控除を申告する大まかな流れは、以下のとおりです。
医療費控除を申告する流れ
- ①マイナンバーカードを取得する
- ②マイナポータルで利用者登録を行う
- ③マイナポータル連携の事前準備を行う
- ④確定申告書等作成コーナーで申告書を作成する
詳しくは、記事内「マイナポータル連携で医療費控除を申告するやり方」をご覧ください。
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マイナンバーカードで家族の医療費控除もできる？
自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も、医療費控除の対象に含めて申告できます。ただし、マイナポータル連携で家族分の医療費通知情報を取得する場合は、事前に代理人設定が必要です。
詳しくは、記事内「家族分の医療費通知情報の取得には代理人設定が必要」をご覧ください。
監修
安田 亮
1987年香川県生まれ、2008年公認会計士試験合格。大手監査法人に勤務し、その後、東証一部上場企業に転職。連結決算・連結納税・税務調査対応などを経験し、2018年に神戸市中央区で独立開業。
大柴 良史
1980年生まれ、東京都出身。IT大手・ベンチャー人事部での経験を活かし、2021年独立。年間1000件余りの労務コンサルティングを中心に、給与計算、就業規則作成、助成金申請等の通常業務からセミナー、記事監修まで幅広く対応。ITを活用した無駄がない先回りのコミュニケーションと、人事目線でのコーチングが得意。趣味はドライブと温泉。
