対象となる従業員の、1月から12月の期間に支払われた「給与や賞与（ボーナス）の総額」と源泉徴収した「徴収税額の総額」を計算します。未払い状態でも、支払いが確定している給与については、その年の年末調整の対象となります。また、年の途中で入社した従業員については、その年に前職で給与を支払われていた場合、前職分も年末調整の対象になります。この場合は、前職の源泉徴収票を収集する必要があります。

「給与所得控除」とは、従業員の所得税などを計算するときに、一定額を法律で定められた必要経費として給与から差し引くことができる控除分をさします。（1）で計算した給与や賞与（ボーナス）の総額に応じて給与所得控除額を計算し、給与や賞与（ボーナス）の総額から差し引くことで、「給与所得控除後の金額」を計算します。

各種所得控除額を正しく計算するため、以下6つの書類を控除の証拠として収集し、「所得控除の合計額」を計算します。

「課税給与所得金額」とは、納めるべき所得税を計算するためのもとの金額です。（2）から（3）を差し引き、「課税給与所得金額」を計算します。その際、1,000円未満の端数は切り捨てます。

（4）で計算した「課税給与所得金額」から、国税庁の公式サイト「算出所得税額の速算表」を参考にして、「算出所得税額」を計算します。

1年目の場合は年末調整の対象とならない確定申告の必要がありますが、2年目以降の住宅ローンについては年末調整での控除となります。(5)で計算した算出所得税額から、住宅ローンの控除額を差し引いたものが「年調所得税額」です。

（6）で算出された年調所得税額に102.1％をかけると「年調年税額」を計算できます。（1）で算出された源泉徴収税額の総額が「年調年税額」より多ければ差額を「還付」、あるいは（1）で算出された源泉徴収税額の総額が「年調年税額」より少なければ差額を「徴収」します。

1月10日までの源泉徴収税の納付の際に、税務署への提出が必要となる「所得税徴収高計算書」を、（7）を反映させて作成します。

（8）で作成した「所得税徴収高計算書」の提出とともに、1月10日までに「源泉徴収税」を税務署に納付します。なお、納期の特例（※）を申請している場合は、半年分の源泉徴収税を納付します。また、年末調整の結果、還付金の調整が確認できれば、差額分は 1月 10日までに支払う源泉徴収税で調整されます。

年末調整後に行う処理として、従業員へ精算した後には以下3つの書類の作成・提出を行います。

• 源泉徴収票（給与支払報告書）を作成
• 「法定調書合計表」と「源泉徴収票」（※）を税務署へ提出
• 「給与支払報告書」を各従業員の所在地となる市区町村へ提出

なお、会社は1月31日までに、源泉徴収票を本人に交付する必要があります。