マイナポータル経由での電子申請の履歴を、システム上から完全に削除する手順は？

ステータス詳細画面から「電子申請を削除する」を選択することで履歴を削除できますが、行政機関側のデータは消えない点にご注意ください。

参考リンク

マイナポータルを通じてfreee人事労務から電子申請を行う