freee人事労務のサンプルデータを利用して、手当や控除を「非表示」にする設定方法は確認できますか？

はい。サンプルデータ集の「その他手当」「その他控除」を非表示にする手順から、画面上の設定項目の隠し方をご確認いただけます。

参考リンク

freee人事労務 サンプルデータ集