部署や店舗などの「所属」とは別に、特定のプロジェクトメンバー等の「従業員グループ」を作成できますか？

はい、従業員グループ設定を利用することで、任意の従業員をまとめたグループを作成可能です。詳しくは「「従業員グループ設定」の設定方法」をご確認ください。

参考リンク

「従業員グループ設定」の設定方法