労務担当者や現場の管理者、従業員向けに、PDF等でダウンロードして共有できる運用マニュアルはありますか？

はい、「お役立ち運用マニュアル」のページから、対象者ごとに分かれたマニュアルをダウンロードしてご利用いただけます。

参考リンク

freee人事労務 お役立ち運用マニュアル