「定期健康診断結果報告書」を電子申請する際、freee人事労務の健康管理機能からデータを自動集計・反映させることは可能ですか？

はい、可能です。健康管理機能で作成した健診結果のデータを電子申請画面に自動反映させて、そのままe-Govで申請する手順をご確認ください。

参考リンク

定期健康診断結果報告書の電子申請を行う