所属（店舗や部署）やそのタイムレコーダー設定をCSVで一括登録・更新できますか？

はい、所属・タイムレコーダーデータのインポート用ファイルを作成することで一括登録可能です。詳しくは「【インポート】所属やタイムレコーダー設定の一括登録方法（所属 / タイムレコーダーデータ［CSV］）」をご確認ください。

参考リンク

【インポート】所属やタイムレコーダー設定の一括登録方法（所属 / タイムレコーダーデータ［CSV］）