freee会計との連携において、3部門以上に対して「7:2:1」のような細かい配賦割合を設定することは可能ですか？

はい、可能です。各部門に対して任意の％（パーセント）を指定し、合計が100％になるように配賦割合を設定する仕様についてご確認ください。

参考リンク

所属による給与と賞与の配賦割合を設定する