給与明細一覧表や賞与明細一覧表を、従業員全員分ではなく、特定の「部門ごと」に絞り込んで出力することはできますか？

はい。従業員項目選択出力機能などの絞り込み条件を利用して、特定の所属部門に属する従業員の明細一覧を出力する仕様をご確認ください。

参考リンク

給与・賞与明細一覧は部門ごとに出力できますか？