残業申請と休暇申請で承認者を分けるなど、申請内容ごとにフローを変えられますか？

はい、申請種別ごとの承認フローを設定することで可能です。詳しくは「申請内容によって承認フローを分ける方法（申請種別ごとの承認フロー）」をご確認ください。

参考リンク

申請内容によって承認フローを分ける方法（申請種別ごとの承認フロー）