出勤予定時刻「ちょうど」に打刻した場合、それを遅刻として扱う設定は可能ですか？

はい、オプション設定により予定時刻ちょうどの打刻を遅刻に含めることが可能です。詳しくは「出勤予定時刻ちょうどの打刻を遅刻にする方法」をご確認ください。

参考リンク

出勤予定時刻ちょうどの打刻を遅刻にする方法