1つのPCに複数のデスクトップ版タイムレコーダーをインストールして利用することは可能ですか？

いいえ、インストール可能な台数は1台のPCにつき1つのみとなります。詳しくは「【デスクトップ版タイムレコーダー】インストール可能な台数」をご確認ください。

参考リンク

【デスクトップ版タイムレコーダー】インストール可能な台数