通常の残業は自動計上とし、深夜残業だけを申請制にする方法はありますか？

はい、可能です。雇用区分やパターンの設定を調整します。詳しくは「深夜残業だけを申請制にする方法」をご確認ください。

参考リンク

深夜残業だけを申請制にする方法