freee人事労務で年末調整の計算を行わず、源泉徴収票の発行のみを行いたい場合の対応方法は？

従業員を「年末調整対象外」に設定し、必要に応じて確定申告をしてもらう運用などの操作手順をご確認ください。

参考リンク

freee人事労務で年末調整を行わない場合の対応方法