年末調整の入力において、従業員へ入力依頼を送信した後に「依頼を取り下げて管理者が直接入力する」ことは可能ですか？

はい。管理画面から従業員への入力依頼を「取り下げ」し、管理者が代理で年末調整の情報を入力するモードに切り替える手順をご確認ください。

参考リンク

3. 従業員の申告内容の入力方法を選択する