e-Govを利用した電子申請において、「定期健康診断結果報告書」だけでなく「ストレスチェック等の報告書」もAPI連携で提出できますか？

はい、可能です。健康管理機能で作成した「心理的な負担の程度を把握するための検査結果等報告書」データを、e-Gov連携で電子申請する手順をご確認ください。

参考リンク

e-Govを通じてfreee人事労務から電子申請を行う