従業員が複数の部門に所属している場合、給与や賞与の会計データ（配賦割合）を分けてfreee会計に連携できますか？

はい、可能です。従業員情報で部門ごとの配賦割合を設定し、freee会計へ部門別の給与・賞与取引として連携する手順をご確認ください。

参考リンク

所属による給与と賞与の配賦割合を設定する