従業員が年末調整で「住宅ローン控除」を初めて受ける（1年目の）場合、freee人事労務上ではどのように処理されますか？

初年度の住宅ローン控除は従業員自身による確定申告が必要となるため、年末調整では計算に含めないシステム上の仕様をご確認ください。

参考リンク

7. 管理者が従業員の申告内容を入力する - 住宅ローン