freee会計に給与取引を連携した際、給与明細には存在しない「端数」の取引が作成されるのはどのようなケースですか？

部門ごとの配賦設定などで給与を按分した結果、生じた数円の端数を調整するための取引が自動で作成される仕様についてご確認ください。

参考リンク

給与明細の確定時にfreee会計に登録される取引