社会保険の料率（健康保険・厚生年金保険・雇用保険）が改定された場合、システム上で自動的に変更・反映されますか？

はい、協会けんぽや標準的な労働保険料率の場合、法改正に合わせてfreee人事労務側で自動的に料率が更新されます（組合健保等の一部を除く）。

参考リンク

社会保険の料率は自動変更ですか？