従業員が退職した場合、freee人事労務の利用料金に関わる「契約従業員数（課金対象人数）」は自動で減りますか？

退職処理をしても契約ID数は自動では減りません。「退職者分の契約従業員数を変更する」手順に従い、プラン・お支払い画面から変更を行ってください。

参考リンク

従業員の退職時の手続きを行う