freee人事労務からマイナポータルやe-Govを利用して電子申請を行うことは可能ですか？

はい、可能です。gBizIDプライムアカウントを取得し、各種設定を行うことで各種書類の電子申請が可能です。

参考リンク

freee人事労務から各種書類の電子申請を行う