freee人事労務以外の他社システムで管理している勤怠データを取り込むことはできますか？

はい、対応しているサービスの勤怠データを取り込む（インポートする）手順についてご確認ください。

参考リンク

他社サービスの勤怠データを取り込む（インポート）