従業員情報に、社員番号や社内資格などの会社独自の管理項目を追加することはできますか？

はい、「従業員カスタム項目」機能を利用することで、独自の管理項目をグループごとに作成し追加できます。

参考リンク

従業員情報に任意の項目を追加する（従業員カスタム項目）